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[GROMACS] GPU加速的REMD运行报错求助

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大家好,新学习跑REMD遇到问题请假大家,请大家不吝赐教!我想用GPU加速跑一个REMD,电脑有8个核,我安装了gromacs-2018.4和openmpi-4.1.0,将48个tpr文件放在同一个文件夹中,运行命令:mpirun -np 8 gmx_mpi mdrun -s topol_.tpr -multi 8 -replex 48 -pin on
出现图片中的报错,网上也查了这个问题,但是没有找到解决方法,求助大家这是openmpi安装问题吗,还是我的命令有问题?我用的这个命令可以调用GPU吗?

94cdd4bea6749dd6373fbd47e0f1d4b.jpg (759.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

94cdd4bea6749dd6373fbd47e0f1d4b.jpg

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发表于 Post on 2021-7-2 08:57:59 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“GPU加速的REMD”改了,以后务必注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-2 09:36:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-2 08:57
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的,抱歉,多谢老师提醒!

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发表于 Post on 2021-7-2 09:44:18 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2021-7-2 15:55:14 | 只看该作者 Only view this author
你有48个tpr,就是48个replica, -multi 48, -replex是指多少步尝试交换一次
如果用GPU跑REMD,最好是一个GPU跑一个replica

你的情况是-multi 8 -replex 48, Gromacs  只会读取前面8个tpr,每48步交换一次

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