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[综合交流] 请问有木有人用过G4(MP2)-6X计算能量的呢?

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请教各位前辈,因为想重复文献上相似的结构,需要用到 G4(MP2)-6X 计算能量,请问输入文件应该是什么样的呢?有木有人用过呢?

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发表于 Post on 2015-12-19 00:03:01 | 只看该作者 Only view this author
目前没有程序直接支持G4(MP2)-6X
非要重复能量需要自己按照原文的计算流程自行实现,或者用原文的补充材料里提供的perl脚本调用Gaussian算(http://pubs.acs.org/doi/suppl/10.1021/ct100542x
如果只是重复其优化的结构就在BMK/6-31+G(2df,p)下优化就完了
没必要非得用这个方法,你算得动G4就用G4就完了,虽然耗时比这个高不少但精度还好一点,如果G4算不动就用G4(MP2)

2018-Aug-17补充:怎么用G4(MP2)6-2X,笔者专门写了篇文章做了详细说明:
高性价比热力学组合方法G4(MP2)-6X的计算方法
http://sobereva.com/419
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-19 02:55:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-19 00:03
目前没有程序直接支持G4(MP2)-6X
非要重复能量需要自己按照原文的计算流程自行实现,或者用原文的补充材料 ...

好的,太感谢老师了

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发表于 Post on 2018-8-16 16:10:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-19 00:03
目前没有程序直接支持G4(MP2)-6X
非要重复能量需要自己按照原文的计算流程自行实现,或者用原文的补充材料 ...

老师:您好!按照您的帖子操作,我安装了activeperl, 然后复制了您的.pl文件,用perl执行后,没有找到输出结果,或者是我不知道去哪找输出结果,请问是怎么回事呢?

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发表于 Post on 2018-8-17 10:51:01 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2018-8-16 16:10
老师:您好!按照您的帖子操作,我安装了activeperl, 然后复制了您的.pl文件,用perl执行后,没有找到输 ...

就老老实实用Linux不好?
装个虚拟机比你折腾这个省事多了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-8-17 13:40:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-17 10:51
就老老实实用Linux不好?
装个虚拟机比你折腾这个省事多了

谢谢老师,那我去试试,

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发表于 Post on 2018-8-17 16:27:37 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2018-8-17 13:40
谢谢老师,那我去试试,

Win10有Linux子系统可以用
奔跑吧 驕傲的少年

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发表于 Post on 2018-8-18 14:59:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-17 10:51
就老老实实用Linux不好?
装个虚拟机比你折腾这个省事多了

老师:您好!群里的老师说,在用热力学组合方法处理数据时,过渡态和中间体的热力学数据组合方法的输入都是:
# BMK/6-31+G(2df,p) Opt,您也说,热力学组合方法本身就包含部分优化,那么如果过渡态在用热力学组合方法计算数据时,不加calcfc,ts,noeigen,优化出的过渡态还是我之前的过渡态吗?

另外,对于您说的一般人得到G(T),H(T),是以B3LYP/6-31G*为基础,如果以m062X-D3/6-311G**为基础是否可以,进行较好级别的单点能计算时,采用m062X-D3/def2-QZVP,可以吗?和您建议的B2PLYP/def2-TZVP相比,怎样呢?我的体系含CHNO原子,原子个数最多15个


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发表于 Post on 2018-8-18 15:00:43 | 只看该作者 Only view this author
Shine剪水 发表于 2018-8-17 16:27
Win10有Linux子系统可以用

我的系统不是win10的,我已近安装了一个虚拟机,谢谢您

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发表于 Post on 2018-8-19 12:58:20 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2018-8-18 14:59
老师:您好!群里的老师说,在用热力学组合方法处理数据时,过渡态和中间体的热力学数据组合方法的输入都 ...

不写calcfc,ts,noeigen显然优化出的是极小点

用M062X-D3/6-311G**优化和做振动分析可以
QZ级别基组给普通泛函用纯粹是糟蹋时间,平均精度不可能比B2PLYP-D3(BJ)/def2-TZVP好,在此基础上要更好结果可以B2PLYP-D3(BJ)/def2-QZVP
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发表于 Post on 2018-8-19 15:18:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-19 12:58
不写calcfc,ts,noeigen显然优化出的是极小点

用M062X-D3/6-311G**优化和做振动分析可以

linuX的perl, 我已经装好了,重复了一下您帖子的内容,也成功了,谢谢老师!
其实我还在纠结那个问题,如果我采用热力学组合分析法,处理热力学数据,(该方法自带优化部分)处理过程种会得到新的TS和中间体,我还需要用这个方法走一下IRC吗?
还是可以直接用这个热力学数据在原来的路径上进行分析(只用热力学数据,而不用其重新得到结构),可是这样做似乎又违背了您说的opt/ts/IRC 方法和理论必须一样的规则,
昨天我试了一下热力学组合方法,耗时真的多了好多,如果在走一个IRC,感觉根本算不完了。
所以打算还是采用您说的”一般人“的方法处理G和H来发文章。您看可以吗?


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发表于 Post on 2018-8-19 22:56:31 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2018-8-19 15:18
linuX的perl, 我已经装好了,重复了一下您帖子的内容,也成功了,谢谢老师!
其实我还在纠结那个问题, ...

对基本原理若没搞得特别明白,就用一般人的做法就完了
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发表于 Post on 2018-8-20 16:57:22 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 风飞 于 2018-8-20 20:49 编辑
sobereva 发表于 2018-8-19 22:56
对基本原理若没搞得特别明白,就用一般人的做法就完了

嗯,好的,
1.我已近采用较高级别的算了一组数据了,得到的out文件(State=2-A|HF=-319.0499787|MP2=-319.418166|S2=0.787605|S2-1=0.|S2A=0.750473|RMSD=8.844e-009|PG=C01)中的能量用哪呢? 是MP2的吗?

2.老师,在用高级别算单点能得时候,出现502得错误,还是按照您说得解决502的方法去解决吗?

3.老师:我在计算反应路劲的时候,先找TS,然后走IRC. 我算出了很多的TS,通过走IRC得到中间体,然后把这些反应串起来,有时候发现,有些中间体很像,能量有时也只相差几零点几kcal/mol,有时是零点零几kcal/mol.请问当这些中间体的结构很像,能量相差多少时,可以看作是同一种物质呢?比如:3.79/3.86    5.44/5.12/4.79       14.55/13.67

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发表于 Post on 2018-8-20 23:04:13 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2018-8-20 16:57
嗯,好的,
1.我已近采用较高级别的算了一组数据了,得到的out文件(State=2-A|HF=-319.0499787|MP2=-31 ...

1 如果你是用的双杂化算的,取MP2

2 是

3 走IRC无法得到准确中间体结构,必须对末端结构进一步优化才能得到
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发表于 Post on 2018-8-20 23:12:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 风飞 于 2018-8-20 23:14 编辑
sobereva 发表于 2018-8-20 23:04
1 如果你是用的双杂化算的,取MP2

2 是

老师,我采用的用的是您推荐的B2PLYP-D3(BJ)/def2-QZVP,进行能量计算的
针对第三问题,我是走了IRC,然后对末端的的结构做了进一步优化后。对于这些基元反应,我在串起整条路径时,发现有些路径的中间体结构很像,有些中间体的能量差值很小,如上所述,是否可以说它们是一样的呢?

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