高斯（ADMP）跑有机小分子从头算动力学结果的两个问题

lyying · 发表于 Post on 2021-7-14 20:56:42

一个有机小分子，以结构优化后的坐标作为跑从头算动力学的起始结构，结构优化基组与从头算动力学基组相同。
从头算动力学输入文件：# b3lyp/6-31g(d) scrf=(solvent=water) admp=(stepsize=1000,maxpoints=2000) iop(1/80=1000000,1/81=10,1/82=298,1/89=1)
问题1：为什么势能曲线中的势能都要大于初始结构的势能？
问题2：可以认为该分子在对应温度下只存在动力学轨迹中的构象吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-14 22:23:41

结构偏离了极小点，当然能量比极小点要高

靠很有限的模拟时间不足以得到这种结论

lyying · 发表于 Post on 2021-7-15 09:08:23

sobereva 发表于 2021-7-14 22:23
结构偏离了极小点，当然能量比极小点要高

靠很有限的模拟时间不足以得到这种结论

明白了，谢谢社长及时回复。

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[Gaussian/gview] 高斯（ADMP）跑有机小分子从头算动力学结果的两个问题

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