求助Gromacs模拟二碱基的RNA单链

zhutuziqin · 发表于 Post on 2021-7-20 11:42:36

请教各位老师，本人想用Gromacs（才接触两个星期，之前只有一些量子化学的基础）模拟含有两个碱基（AA）的RNA单链，在水溶液中的运动轨迹，现有基础和疑惑如下：基础：1.目前掌握了基础的分子动力学（用Gromacs模拟的）知识；2.已经实操了两个简单教程（水盒子的创建，水中的溶菌酶）；
3.用Avogadro构建了AA碱基的RNA分子模型，分子结构截图如图一，结构是完整的。

疑问：1.Google了一下，RNA/DNA可以用AMBER力场，那两个碱基的RNA链也可以用AMBER力场吧？
2.另外用Gromacs对两个AA碱基后面的模拟步骤及一些文件，如拓扑结构文件，能量极小化，NVT，NPT，MD模拟，分析等，可以借鉴水中的溶菌酶教程相应的模拟步骤做适当的修改吗？或者还有其他合适的教程推荐一下吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-21 03:10:13

1 可以

2 我没看过那个教程，但里面不免有些坑爹的，诸如你提到NPT之前先做NVT这步就是多余的

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里有极度全面详细的教程，包括核酸的模拟

HZW · 发表于 Post on 2021-7-22 15:32:52

RNA可以用Amber的Parmbsc1的力场，是amber中最新的适合模拟核酸的力场，文献见（Orozco et al. Nature methods, 13(1), pp.55-58.）不过OL5和OL3也可以用于核酸模拟，据说也能准确描述，不过我模拟核酸都用bsc1。
单纯的常规MD就用水中溶菌酶那个教程就行。力场用我上面提到的就行。
不过你模拟两个碱基的RNA有什么意义吗？是要模拟碱基配对过程（比如不同碱基之间的配对，这个貌似有人研究过了）吗还是怎么样。

zhutuziqin · 发表于 Post on 2021-7-22 19:54:46

sobereva 发表于 2021-7-21 03:10
1 可以

2 我没看过那个教程，但里面不免有些坑爹的，诸如你提到NPT之前先做NVT这步就是多余的

谢谢卢老师的回复，我下来看看力场相关的东西，自己实操一下

zhutuziqin · 发表于 Post on 2021-7-22 20:04:19

HZW 发表于 2021-7-22 15:32
RNA可以用Amber的Parmbsc1的力场，是amber中最新的适合模拟核酸的力场，文献见（Orozco et al. Nature meth ...

谢谢您的回复，我下来看看您提到的这个文章和力场，实践一下。我也才接触几个星期，想着先拿两个碱基的RNA链跑一跑，看看在水中的运动情况，后面再尝试在这个基础上做一些复杂点的东西。

HZW · 发表于 Post on 2021-7-22 20:56:35

本帖最后由 HZW 于 2021-7-22 20:57 编辑

zhutuziqin 发表于 2021-7-22 20:04
谢谢您的回复，我下来看看您提到的这个文章和力场，实践一下。我也才接触几个星期，想着先拿两个碱基的RN ...

你可以看下这篇文章，今晚才看见的，
Assessment of AMBER Force Fields for Simulations of ssDNA（DOI: 10.1021/acs.jctc.0c0093）

zhutuziqin · 发表于 Post on 2021-7-23 21:34:56

HZW 发表于 2021-7-22 20:56
你可以看下这篇文章，今晚才看见的，
Assessment of AMBER Force Fields for Simulations of ssDNA（DOI ...

非常感谢

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