gromacs模拟后rdf如何选取界面

UPC-Ning · 发表于 Post on 2021-7-28 17:29:17

本帖最后由 UPC-Ning 于 2021-7-28 17:32 编辑

各位老师好，我的体系是正方形盒子，分别为水(49E1)和庚烷(G013)，庚烷里有沥青质(LM5M)，经过20ns模拟后，沥青质分子逐渐堆积并处于油水界面，请问如何求沥青质对于油水界面的rdf呢？我是直接选取沥青质为参考组，水分子为选取组嘛，这样做的对嘛？请求各位老师批评指正。附件为index文件与求出的rdf文件

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-29 05:45:45

“沥青质对于油水界面的rdf”这种描述莫名其妙。应当说明谁是参考组（被统计的粒子相对于哪个组里面的粒子来计算rdf），谁是被统计rdf分布的组。怎么定义这两种组取决于实际目的。如果你要统计水或油在沥青质周围的分布，沥青质就是参考组。

UPC-Ning · 发表于 Post on 2021-7-29 10:28:21

sobereva 发表于 2021-7-29 05:45
“沥青质对于油水界面的rdf”这种描述莫名其妙。应当说明谁是参考组（被统计的粒子相对于哪个组里面的粒子 ...

下次发帖时我一定注重表达方式，谢谢sob老师的指导！我其实想请教您的是rdf是否可以统计A类型粒子（参考组）与构建box中某一平面（被统计）的的径向分布函数，麻烦您了。

sun666 · 发表于 Post on 2021-7-30 02:02:31

不清楚你的目的是什么，我猜你是想证明沥青质分子分布在界面处了，可以看一下沥青分子在z方向的分布密度是否在界面出密度最高。要是非要用rdf可以看沥青质周围的水分子。

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-30 07:05:18

UPC-Ning 发表于 2021-7-29 10:28
下次发帖时我一定注重表达方式，谢谢sob老师的指导！我其实想请教您的是rdf是否可以统计A类型粒子（参考 ...

如果被统计的组是特定几何范围（如z大于多少小于多少）里面的粒子，可以统计。VMD的rdf计算界面里写上相应选区的选择语句就可以。
不过如4L所说，应当先明确到底想研究什么，算rdf未必是最得当的做法

UPC-Ning · 发表于 Post on 2021-7-30 10:27:47

sobereva 发表于 2021-7-30 07:05
如果被统计的组是特定几何范围（如z大于多少小于多少）里面的粒子，可以统计。VMD的rdf计算界面里写上相 ...

谢谢sob老师

UPC-Ning · 发表于 Post on 2021-7-30 10:28:25

sun666 发表于 2021-7-30 02:02
不清楚你的目的是什么，我猜你是想证明沥青质分子分布在界面处了，可以看一下沥青分子在z方向的分布密度是 ...

好的谢谢sun老师

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