如何用gromacs命令计算蛋白质中某一种残基的相对溶液可及表面积(RASA)？

Isolde

各位老师好，我用GROMACS跑了一段氨基酸长链，想算出其中某一种残基，比如GLN的相对溶液可及表面积(RASA)，用什么命令可以呢？
我看了GROMACS手册里面的gmx sasa命令，只知道怎么算SASA (gmx sasa -f xxx.xtc -s xxx.tpr -output 'resname GLN' -o xxx.xvg)，没看到怎么算RASA...
请问怎样可以计算RASA呢？

sobereva

写上-surface "group protein" -output 'resname GLN'，此时输出的是蛋白质表面的GLN残基部分的SASA，对应的就是这种残基的RASA

Isolde

明白了，谢谢老师！

Isolde

老师好，因为不同文献中对RASA的定义似乎有所不同，所以想来确认一下：
我想计算的RASA=(残基在蛋白质链中的SASA)/(残基在单独存在的情况下的SASA)，想用来表示某种残基在蛋白链中的空间位置是靠外还是靠内。我尝试了您的命令，输出文件的第三列似乎是某种残基在蛋白质链中的SASA（因为所有残基的第三列列的总和等于第二列的蛋白质总表面积），没有除以残基单独的SASA？这样的话有个问题，表面积本来就较大的残基（比如TYR）即使不在蛋白外侧，它的SASA也会比较大......
请问gromacs有没有办法计算我说的那种定义的RASA呢？谢谢老师！

sobereva

Isolde 发表于 2021-8-10 23:23
老师好，因为不同文献中对RASA的定义似乎有所不同，所以想来确认一下：
我想计算的RASA=(残基在蛋白质链中 ...

-surface后面也定义成resname GLN，这样得到的就是把GLN单独拿出来算的SASA

Isolde

好的知道了，谢谢老师

970829

亲，你这个命令是某一个氨基酸gln，但是蛋白里可能有gln201,gln180.如果我只想算gln180的溶剂可及表面积，这种怎么计算啊，求赐教

lucky2023

sobereva 发表于 2021-8-11 02:57
-surface后面也定义成resname GLN，这样得到的就是把GLN单独拿出来算的SASA

老师好，请问如果只想算631和632原子的sasa呢？
ATOM    624  N   CYS    40      69.290  89.970  65.040  1.00  0.00           N
ATOM    625  HN  CYS    40      69.220  90.460  64.170  1.00  0.00           H
ATOM    626  CA  CYS    40      69.660  88.540  64.920  1.00  0.00           C
ATOM    627  HA  CYS    40      68.980  87.910  65.470  1.00  0.00           H
ATOM    628  CB  CYS    40      69.200  88.020  63.540  1.00  0.00           C
ATOM    629  HB1 CYS    40      68.310  88.570  63.160  1.00  0.00           H
ATOM    630  HB2 CYS    40      69.880  88.460  62.770  1.00  0.00           H
ATOM    631  SG  CYS    40      69.270  86.220  63.350  1.00  0.00           S
ATOM    632  HG1 CYS    40      68.010  86.250  62.920  1.00  0.00           H
ATOM    633  C   CYS    40      71.040  88.120  65.310  1.00  0.00           C
ATOM    634  O   CYS    40      72.030  88.770  65.000  1.00  0.00           O

sobereva

lucky2023 发表于 2023-7-17 15:35
老师好，请问如果只想算631和632原子的sasa呢？
ATOM    624  N   CYS    40      69.290  89.970  65.0 ...

用相应的选择语句选就完了

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里的ppt