关于优化的两个问题

Pamela · 发表于 Post on 2021-8-8 21:47:25

本帖最后由 Pamela 于 2021-8-8 21:50 编辑

1. 我在用g-C3N4作为催化剂去氧化有机物，截取了g-C3N4一部分作为团簇，为了呈电中性使周围不饱和的氮加氢饱和，我看有帖子说周围加氢的氮要固定，应该是避免边界效应。我不固定氮跑出来结构是波纹的，固定氮后跑出来是平的，用gaussian09跑的，我从其他文献看到波纹的比平面的更稳定，所以我不知道是该固定还是可以不固定？

2.我在跑优化的时候经常遇到优化完成后，最后一个点不是4个全YES往往3个或者2个YES，而倒数第二个点是4个都是YES，想知道这是什么原因。一般通过sob老师说的一些优化收敛手段都能优化成4个YES，但最近我一个结构第三个最大位移就是收敛不了，我都用了calcall还是不行。之前有看到说当接近收敛限后实在没有四个YES，这个结构也可以用，我想知道大概怎样的误差算接近收敛限。我现在最大位移的收敛限是0.001800，而我最后一个点是0.003184，这算接近收敛限吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-8-8 21:56:03

1. 你看的文献算的是体相g-C3N4还是g-C3N4片段？如果文献想算的就是片段本身，而不是意图以团簇代替体相，那文献的结论就不适用于你的计算。此外这个结论（平面更稳定还是波纹更稳定）和泛函、基组有关，不同计算方法下结论不一样，如果文献的理论级别比你的还粗糙，可能文献是错的而你是对的。
2. 我觉得算，不过还是值得再尝试一下加大格点、减小优化步长等方法

Pamela · 发表于 Post on 2021-8-9 22:30:47

wzkchem5 发表于 2021-8-8 21:56
1. 你看的文献算的是体相g-C3N4还是g-C3N4片段？如果文献想算的就是片段本身，而不是意图以团簇代替体相， ...

谢谢wzkchem5老师回复~
1.我是实验文章说波纹的g-C3N4比平面的要稳定，对于一些计算文章我看到块体g-C3N4优化出来是平面的，而层状g-C3N4优化出来是波纹的。我用同样的泛函和基组计算了不固定周围N原子和固定了周围氮原子的，结构不固定N原子的波纹性质的g-C3N4确实更加稳定。所以这个边界效应到底需不需要考虑，若考虑但是优化出来的结构是平面与实验波纹最稳定不相符合。
2.好的~

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-8-10 00:37:12

Pamela 发表于 2021-8-9 15:30
谢谢wzkchem5老师回复~
1.我是实验文章说波纹的g-C3N4比平面的要稳定，对于一些计算文章我看到块体g-C3N ...

实验测g-C3N4的结构肯定需要一个基底吧，既然有基底就肯定有晶格匹配问题，可能实验用的基底恰好是和波纹的g-C3N4晶格匹配得比较好，所以诱导g-C3N4变成了波纹状。至于计算文章的结论，还是那句话，如果你的理论级别比那些计算文章的高，那么你算出来和那些文章不一样，更大的概率你是对的，他们是错的。

Pamela · 发表于 Post on 2021-8-13 20:50:12

wzkchem5 发表于 2021-8-10 00:37
实验测g-C3N4的结构肯定需要一个基底吧，既然有基底就肯定有晶格匹配问题，可能实验用的基底恰好是和波纹 ...

老师，我想请问这种从周期性结构里面截取一部分当作团簇，周围原本连接有其它原子的原子都是要固定的吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-8-13 20:51:50

Pamela 发表于 2021-8-13 13:50
老师，我想请问这种从周期性结构里面截取一部分当作团簇，周围原本连接有其它原子的原子都是要固定的吗？

对的

Pamela · 发表于 Post on 2021-8-13 22:21:21

wzkchem5 发表于 2021-8-13 20:51
对的

好的，谢谢老师~

Austin- · 发表于 Post on 2024-6-19 10:26:46

Pamela 发表于 2021-8-9 22:30
谢谢wzkchem5老师回复~
1.我是实验文章说波纹的g-C3N4比平面的要稳定，对于一些计算文章我看到块体g-C3N ...

老师，您好，我想问一下是哪篇文章说波纹的g-C3N4比平面的更加稳定

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