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[辅助/分析程序] Connfab构象搜索0个

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新手小白,用Ooenbabel里的Confab进行构象搜索,每次都显示0个分子,试了好几种分子,包括一些柔性分子。

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发表于 Post on 2021-8-11 15:37:22 | 只看该作者 Only view this author
给完整输入输出文件(包括stderr输出,如果有的话),否则无法回答
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-11 15:54:03 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-8-11 15:37
给完整输入输出文件(包括stderr输出,如果有的话),否则无法回答

上传不了图片,输入文件是chemdraw3D生成的mol2格式,结构是自己画的,类似于丙烷,1号碳上连了羟基、氯原子、溴原子,他不是应该有好几种构象吗?输出时显示0 molecules converted.

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发表于 Post on 2021-8-11 15:58:59 | 只看该作者 Only view this author
先把此文里的例子重复,用帖子里相同的文件当输入文件
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.htmlhttp://sobereva.com/575

如果重复不出来,确保用的是windows版最新的Openbabel
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-8-11 16:59:57 | 只看该作者 Only view this author
Ooenbabel使用构象搜索功能时,需要安装Eigen2 or Eigen3库,不然用不了conformers和confab功能。官方的window版的Ooenbabel好象没把 Eigen库引入

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-11 20:03:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-11 15:58
先把此文里的例子重复,用帖子里相同的文件当输入文件
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索 ...

molclus联合confab对Actos.pdb做了构象搜索,也搜出来了591个构象,但最后一行有显示 0 moleclues converted. 这是咋回事?我的Openbabel是好的吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-11 20:16:22 | 只看该作者 Only view this author
gzcnp_yp 发表于 2021-8-11 16:59
Ooenbabel使用构象搜索功能时,需要安装Eigen2 or Eigen3库,不然用不了conformers和confab功能。官方的win ...

really?我就是想做个ECD和核磁计算辅助一下,想求一个高斯输入GIF文件的模板!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-11 20:41:49 | 只看该作者 Only view this author
zhouwenhao 发表于 2021-8-11 20:03
molclus联合confab对Actos.pdb做了构象搜索,也搜出来了591个构象,但最后一行有显示 0 moleclues conver ...

sob老师,我是新手,还想问一个问题。生成的traj.xyz要通过Molclus调用高斯进行优化,为什莫不把这个traj.xyz文件直接用高斯去跑呢?是不是高斯软件只能跑一个坐标,就是最优构象。我做ECD,核磁的话是不是也是选能量最低的一个构象?

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发表于 Post on 2021-8-11 21:21:07 | 只看该作者 Only view this author
zhouwenhao 发表于 2021-8-11 13:41
sob老师,我是新手,还想问一个问题。生成的traj.xyz要通过Molclus调用高斯进行优化,为什莫不把这个traj ...

选能量最低的构象是一种近似,正规的方法是取最低的若干个构象分别计算,再做Boltzmann平均。仅当最低的构象比第二低的构象低很多(比如至少低2kcal/mol),或预期最低的几个构象计算结果差别不大时(比如一个刚性色素连一个柔性烷基链,你要算这个体系的UV-Vis,烷基链虽然可以取很多构象,但是不管取什么构象算出来的UV-Vis都不会有什么差别,此时可以不对烷基链的构象做平均),才可以只取最低的那个构象
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2021-8-12 01:57:43 | 只看该作者 Only view this author
gzcnp_yp 发表于 2021-8-11 16:59
Ooenbabel使用构象搜索功能时,需要安装Eigen2 or Eigen3库,不然用不了conformers和confab功能。官方的win ...

是Openbabel
我就是直接用的官网上的windows版OpenBabel-3.0.0-x86.exe,没安装任何额外的库,使用正常。
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发表于 Post on 2021-8-12 01:59:52 | 只看该作者 Only view this author
zhouwenhao 发表于 2021-8-11 20:03
molclus联合confab对Actos.pdb做了构象搜索,也搜出来了591个构象,但最后一行有显示 0 moleclues conver ...

别管提示什么,就看产生的结构文件对不对
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发表于 Post on 2021-8-12 02:00:54 | 只看该作者 Only view this author
zhouwenhao 发表于 2021-8-11 20:16
really?我就是想做个ECD和核磁计算辅助一下,想求一个高斯输入GIF文件的模板!

那叫gjf

把这些都认真仔细看了,包括里面引的其它相关博文,仔细一个字一个字看过就不会再有任何相关疑问
使用Multiwfn绘制NMR谱
http://sobereva.com/565http://bbs.keinsci.com/thread-19711-1-1.html
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图
http://sobereva.com/224
使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-12 11:07:15 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-8-11 21:21
选能量最低的构象是一种近似,正规的方法是取最低的若干个构象分别计算,再做Boltzmann平均。仅当最低的 ...

学习了,谢谢大佬

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-12 11:07:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-12 02:00
那叫gjf

把这些都认真仔细看了,包括里面引的其它相关博文,仔细一个字一个字看过就不会再有任何相关 ...

好的,谢谢Sob老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-12 14:23:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zhouwenhao 于 2021-8-12 14:32 编辑
sobereva 发表于 2021-8-12 01:59
别管提示什么,就看产生的结构文件对不对

**Molecule 1
..title = Actos.pdb
..number of rotatable bonds = 7
==============================
*** Open Babel Error  in OpenBabel::OBForceFieldMMFF94::ParseParamFile
  Cannot open parameter file
!!Cannot set up forcefield for this molecule
!!Skipping

这是啥意思?我设置力场了?我就用chemdra3D里的MMFF94优化一下结构
还有一个错误C:\Users\ASUS>obabel 123.mol2 -O traj.xyz --confab --verbose --conf 10000
==============================
*** Open Babel Error  in OpenBabel::OBConversion::OpenAndSetFormat
  Cannot open 123.mol2
0 molecules converted


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