求助：关于RDF的结果问题

ocbrother · 发表于 Post on 2021-9-3 17:05:43

本帖最后由 ocbrother 于 2021-9-23 10:52 编辑

各位老师好，我在模拟完成之后，对最后一帧 N 与 Fe 做了RDF。发现结果有点和预期不符，模拟体系尺寸为 30*30*60 A有两个问题想请教：
1. RDF 结果显示第一个峰低于第二个峰，我在文献看到的RDF结果都是第一峰高于第二个峰。我这是不是做错了？
2. 文献中说，对于N和Fe, 只要他们的距离小于 3.5 A，即可认为形成了配位键。我去查了之后，没找到相关论述，请问这是有什么判断规则吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-3 17:26:26

如果只是对一帧结构算rdf，这样并不奇怪，肯定曲线是离散的，除非你把统计间隔设大点

ocbrother · 发表于 Post on 2021-9-3 18:19:17

sobereva 发表于 2021-9-3 17:26
如果只是对一帧结构算rdf，这样并不奇怪，肯定曲线是离散的，除非你把统计间隔设大点

好的，谢谢sob老师。

ocbrother · 发表于 Post on 2021-9-21 11:39:14

sobereva 发表于 2021-9-3 17:26
如果只是对一帧结构算rdf，这样并不奇怪，肯定曲线是离散的，除非你把统计间隔设大点

file:///C:/Users/Lc/Desktop/Fe-N.jpg
sob老师，我根据老师的意见，把统计间隔调大了。
但是针对于我这样的体系，第二个高峰比第一个峰来的大，这合理吗。
祝老师中秋快乐

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-22 06:25:44

ocbrother 发表于 2021-9-21 11:39
sob老师，我根据老师的意见，把统计间隔调大了。
但是针对于我这样的体系，第二个高峰比第一个峰来的 ...

贴图方式不对，其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴第4节了解怎么正确贴图

ocbrother · 发表于 Post on 2021-9-23 10:52:45

sobereva 发表于 2021-9-22 06:25
贴图方式不对，其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴第4节了解怎么正确贴图

按照老师要求，我已经更新了帖子。请老师帮我看看。

AaronO_o · 发表于 Post on 2021-9-23 12:48:04

算一帧中一个分子吸附的rdf意义不明、rdf本身就有统计平均的意味在里面，个人认为还是应当对平衡态下的多帧进行计算平均还有一些参考价值。
这种一帧的情况的话，我会直接标上距离了，没必要用rdf；第二个峰比第一个峰更高，也只能说明在当前的构象下，在第二个峰距离（范围）上的Fe原子数目多于第一个峰，至于对错还得分析多几(百、千)帧的RDF再对比判断。

ocbrother · 发表于 Post on 2021-9-24 10:12:41

AaronO_o 发表于 2021-9-23 12:48
算一帧中一个分子吸附的rdf意义不明、rdf本身就有统计平均的意味在里面，个人认为还是应当对平衡态下的多帧 ...

哦哦，好的。谢谢你。
另外，我想问问对于N和Fe, 只要他们的距离小于 3.5 A，即可认为形成了配位键，这是为何呢。

AaronO_o · 发表于 Post on 2021-9-24 12:50:37

ocbrother 发表于 2021-9-24 10:12
哦哦，好的。谢谢你。
另外，我想问问对于N和Fe, 只要他们的距离小于 3.5 A，即可认为形成了配位键，这 ...

我没有接触过金属-非金属的配位、并不怎么了解小于3.5A是配位键这个判据的理论依据。
就个人感觉而言，这个判据也仅仅是很定性的。距离（键长）是有分布的，3.5A要说也不小了、、。这种情况或许也可以用准分子近似的RDG或者aRDG，以及IGM，对键长有代表性的某几帧分析一下？

ocbrother · 发表于 Post on 2021-9-24 16:31:35

AaronO_o 发表于 2021-9-24 12:50
我没有接触过金属-非金属的配位、并不怎么了解小于3.5A是配位键这个判据的理论依据。
就个人感觉而言， ...

好的好的，查了好久关于这个3.5 A，但是就没有相关的理论
非常感谢你！

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