如何将非键项修改到力场中去？

努力向上的boy · 发表于 Post on 2021-9-16 23:50:36

1、在进行分子动力学模拟的时候，有些文章针对某些分子进行了专门的优化，给出了成键项和所有原子的非键项（σ，ε），请问一下如何将非键项修改到力场中去，以opls和amber力场为例，只需要修改ffnonbonded.itp就可以了吗？2、ffnonbonded.itp文件里面的原子都是单原子吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-17 08:04:33

1 是
2 ffnonbonded.itp的[atomtypes]字段里定义的是各个原子类型的范德华参数，原子间的会根据特定规则产生，也可以用[ nonbond_params ]直接指定原子类型间的

努力向上的boy · 发表于 Post on 2021-9-17 09:44:49

sobereva 发表于 2021-9-17 08:04
1 是
2 ffnonbonded.itp的[atomtypes]字段里定义的是各个原子类型的范德华参数，原子间的会根据特定规则产 ...

谢谢老师的耐心解答

sj12138 · 发表于 Post on 2022-5-10 10:39:38

sobereva 发表于 2021-9-17 08:04
1 是
2 ffnonbonded.itp的[atomtypes]字段里定义的是各个原子类型的范德华参数，原子间的会根据特定规则产 ...

老师您好，我想问一下，在[nonbond_params]中的参数是不是需要根据[ atomtypes ]中的参数还有自己设定的规则进行计算得到的？

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-11 20:21:35

sj12138 发表于 2022-5-10 10:39
老师您好，我想问一下，在[nonbond_params]中的参数是不是需要根据[ atomtypes ]中的参数还有自己设定的 ...

看你想怎么得到这参数
比如按照LB混合规则之类，那你可以用[ atomtypes ]里原子的LJ参数按照相应规则手算算出来原子对的LJ参数写进去。如果诸如文献里有特殊的参数，直接写进去就完了（注意单位、力场形式问题）

sj12138 · 发表于 Post on 2022-5-13 14:06:19

sobereva 发表于 2022-5-11 20:21
看你想怎么得到这参数
比如按照LB混合规则之类，那你可以用[ atomtypes ]里原子的LJ参数按照相应规则手 ...

好的，谢谢老师

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