求助：关于MD中的热退火问题

HJC

各位老师好，想请教一下有关升温及热退火的几个相关问题：
1.如果对体系升温，从340-400 k，是否需要从0 k开始？且在模拟过程中如何提取出370 K下的体系形貌？
2.如果对体系进行热退火，假设340-420-300 k，温度如何设定？0-340-340-420-420-300-300 k？
另：3.请问标黄处如何做到每隔一段时间保存所有的原子的坐标数据？
谢谢各位老师指导！！

sobereva

1 先得让体系平衡到340K，然后再升温。是否从0K开始升温到340K无所谓。
看温度变化曲线（可以拟合成直线），取大约370K时候的那一帧

2 看你实际目的，如果每个温度都要保持一段，就是你说的

3 恰当设置nstxout或nstxout-compressed，其数值乘上步长就是保存轨迹的时间间隔

HJC

sobereva 发表于 2021-9-24 09:11
1 先得让体系平衡到340K，然后再升温。是否从0K开始升温到340K无所谓。
看温度变化曲线（可以拟合成直线） ...

谢谢老师：
1.如图所示，像前面这样直接升温到340k是不是不可取？这样的温度变化曲线怎么拟合呈直线呢？
2.目的是想考察热退火的过程和温变范围对体系的影响，是不是所有对比的体系既要统一温度变化的速率（比如10k/100ps），还要统一温变时的模拟时长？
3.如果想在热退火过程中看原子坐标数据的话，是不是应在热退火的mdp中设置nstxout等，而非最终md.mdp？

sobereva

HJC 发表于 2021-9-24 11:02
谢谢老师：
1.如图所示，像前面这样直接升温到340k是不是不可取？这样的温度变化曲线怎么拟合呈直线呢？ ...

1 怎么升温到340 K都可以，但是必须在340 K平衡一段时间，再做之后的升温

2 如果变温“过程”也是要专门考虑、讨论的，如果没有特殊理由的话变温速率最好相同

3 是

HJC

sobereva 发表于 2021-9-24 11:45
1 怎么升温到340 K都可以，但是必须在340 K平衡一段时间，再做之后的升温

2 如果变温“过程”也是要专 ...

老师，请问如果探究“变温过程”(TA：热退火)的话：应该选择1还是2呢？
1.先进行相同条件下的MD获得稳定构型，再基于该成品模拟的结果进行热退火的研究(EM-MD-TA)
2.在一套MD过程中进行变温过程（EM-TA-MD）
即：TA和MD的顺序如何选择？谢谢老师！！

sobereva

HJC 发表于 2021-9-28 09:55
老师，请问如果探究“变温过程”(TA：热退火)的话：应该选择1还是2呢？
1.先进行相同条件下的MD获得稳定 ...

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