如何获取universal力场中铅离子的LJ参数（最好是利用obgmx自动获取）以供gromacs使用

a9471163 · 发表于 Post on 2021-10-9 16:59:10

本帖最后由 a9471163 于 2021-10-9 19:55 编辑

各位老师，想请教一下如何获取universal力场中铅离子的参数，以供gromacs使用，我使用了obgmx工具，初始结构提供PbCl2（Cl与Pb有化学键），就能很快获得Pb的LJ参数。如图所示，但这是没有电离的铅，我最终想获得铅离子的LJ参数，因此我尝试初始结构提供Pb2+给obgmx,但此时obgmx输出的itp和top全是空的，无任何参数，请问此时该如何获得铅离子的LJ参数呢？铅离子的LJ参数，应该跟PbCl2（Cl与Pb之间有化学键）中铅的LJ参数，是不一样的吧？

说明：力场使用GAFF，该力场缺少铅离子的LJ参数

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-9 17:53:01

你先看看UFF原文。本身UFF对每种元素就相当于只有一种类型，LJ参数只有一种

a9471163 · 发表于 Post on 2021-10-9 19:07:39

本帖最后由 a9471163 于 2021-10-9 19:55 编辑

sobereva 发表于 2021-10-9 17:53
你先看看UFF原文。本身UFF对每种元素就相当于只有一种类型，LJ参数只有一种

非常感谢老师，读了您的回复并参考UFF原文J. Am. Chem. SOC. 1992, 114, 10024-10039，我理解到：
1、UFF力场并没有给铅离子提供参数，因此当把铅离子结构文件提交给obgmx时无法得到相关参数
2、不宜使用UFF力场模拟铅离子
3、应当查阅靠谱的文献，获得铅离子的LJ参数供gromacs使用
4、使用obgmx可以获得成键铅原子的LJ参数，但不能代替铅离子的LJ参数使用
如有理解偏差，还请您指导一下

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[综合交流] 如何获取universal力场中铅离子的LJ参数（最好是利用obgmx自动获取）以供gromacs使用

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