蛋白相互作用 PBSA和GBSA能量计算构象选择的问题

xinggx

各位前辈大家好。
请教大家做蛋白蛋白相互作用时。通过分子对接得到两个不同构象。
在计算PBSA和GBSA之后
得到了构象1的GB比构象2的GB高，构象1的PB比构象2的PB低的结果。有这样的交叉导致我不知道选哪一个模型了
我读了部分文献说是PB结果耗时但更精确，但 Computational prediction of protein–protein binding affinities 还有部分文献指出GB和实验结果的相关性更高
The highest correlation between the predicted binding affinities and the experimental data was −0.64 using MM-GBSA, a low interior dielectric constant of 1 and the AMBER ff02 force field. This correlation was better than using MM-PBSA for which the highest correlation was −0.523.（这个是原文）

构象1 ：  （前者为GB后者为PB）

     
构象2：     （前者为GB后者为PB）

   

不知道应该选择哪一种构象做。希望能得到老师指点

sobereva

GB的结果直接决定于具体用的求解有效Born半径的方法，没有计算细节问GB是否准确没有意义。
PB原理上是最严格的，搞GB模型的人也普遍以PB的结果作为标准来衡量GB的准确度，例如：



当然PB计算合理的前提是计算设定恰当。

至于MMGBSA有时算结合能的准确度和实验比比MMPBSA更好，很大程度上是因为和别的因素误差抵消。没有实验参照时，但凡MMPBSA能算得动的情况都应当用MMPBSA而非MMGBSA说事

xinggx

sobereva 发表于 2021-10-11 04:27
GB的结果直接决定于具体用的求解有效Born半径的方法，没有计算细节问GB是否准确没有意义。
PB原理上是最严 ...

感谢sob老师