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[其它程序] 大DNA体系表面静电势计算方法求助

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楼主
想计算一个大的DNA生物体系的表面静电势,求助计算方法和相关可用软件,谢谢~~

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喵星人

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发表于 Post on 2021-10-11 19:34:13 | 只看该作者 Only view this author
多大?算了干啥用?

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发表于 Post on 2021-10-11 19:49:59 | 只看该作者 Only view this author
如果是真空下,用Multiwfn基于记录了原子电荷的chg文件,通过主功能5计算静电势格点数据,在VMD里投影到DNA范德华表面即可显示成静电势着色的分子表面图
如果是溶液下,需要通过APBS之类程序求解泊松方程得到静电势格点文件,然后再用VMD投影到范德华表面上
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-12 09:00:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-11 19:49
如果是真空下,用Multiwfn基于记录了原子电荷的chg文件,通过主功能5计算静电势格点数据,在VMD里投影到DNA ...

谢谢老师,我是在溶液下,用的APBS算的,当输入DNA结构的时候总是报错说单个碱基电荷不为整数,但是很多论文说是可以算DNA体系的静电势的,不知道是不是哪里设置错误了。
下面这个帖子是报错内容
http://bbs.keinsci.com/thread-24718-1-1.html

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发表于 Post on 2021-10-13 02:14:42 | 只看该作者 Only view this author
landian666 发表于 2021-10-12 09:00
谢谢老师,我是在溶液下,用的APBS算的,当输入DNA结构的时候总是报错说单个碱基电荷不为整数,但是很多 ...

最好发邮件问APBS开发者
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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