求助：模拟gromacs的时候体系中两个小分子有同样的原子类型名有没有问题？

邱美佳 · 发表于 Post on 2021-10-13 17:02:30

我在模拟gromacs的时候，用acpype产生体系中一种有机小分子和高氯酸根离子的力场，可是我发现有机小分子和离子有同样的原子类型，请问这样子跑模拟会不会不合理？软件判断成键那些参数会不会搞混？

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-13 19:46:10

只要原子所处化学环境类似，就会被指认成相同原子类型，很正常的事。你去看看atp文件里原子类型的定义说明，结合实际体系结构就可以判断是否合理。
原子类型的指认并不考虑整体带电情况，带电情况带来的差异更多的是体现在原子电荷的区别上。

邱美佳 · 发表于 Post on 2021-10-13 23:53:04

本帖最后由邱美佳于 2021-10-13 23:57 编辑

sobereva 发表于 2021-10-13 19:46
只要原子所处化学环境类似，就会被指认成相同原子类型，很正常的事。你去看看atp文件里原子类型的定义说明 ...

卢老师，这个力场是用acpype产生的，我在amber力场的atomtype.atp里面好像没有找到o这种原子类型。

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-14 00:51:35

邱美佳发表于 2021-10-13 23:53
卢老师，这个力场是用acpype产生的，我在amber力场的atomtype.atp里面好像没有找到o这种原子类型。

Amber力场原子类型都是大写的
小写的是GAFF原子类型

邱美佳 · 发表于 Post on 2021-10-14 10:08:13

sobereva 发表于 2021-10-14 00:51
Amber力场原子类型都是大写的
小写的是GAFF原子类型

请问卢老师GAFF的力场包在哪里有呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-17 06:41:35

邱美佳发表于 2021-10-14 10:08
请问卢老师GAFF的力场包在哪里有呢？

Ambertools里就有gaff.dat文件，包含了GAFF力场所有参数

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