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[综合交流] 如何将Crystal网站获得的基组修改为Gaussian可用的基组

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大家好!我最近想用gaussian做一下关于Mo固体的计算,最近阅读了Sob老师的《谈谈量子化学中基组的选择》,其中提到了做周期性计算可以从CRYSTAL网站上可以找到适合周期性计算的高斯函数基组,但是需要修改格式,想问一下这个格式该如何修改呢?有无相关的转换工具或者转换教程可供参考?谢谢!


附:在Crystal网站上看到的Mo的Mo_POB_TZVP_2018基组是这样的,和Gaussian定义的基组格式感觉不一样:

INPUT
14. 0 2 4 4 2 0
  10.097000 180.076853 0
   4.375670  24.715920 0
   9.126564  41.227678 0
   8.863223  82.452670 0
   4.044948   6.345092 0
   3.866657  12.458423 0
   7.535754  19.308744 0
   7.278976  28.977674 0
   2.763205   3.189516 0
   2.772085   4.700169 0
   6.306633  -7.178888 0
   6.356448  -9.745978 0
0 0 2 2 1.0
  14.0000000000     -0.224900434060
  12.5000000000      0.331512485550
0 0 1 2 1.0
  2.22516084000      1.000000000000
0 0 1 0 1.0
  0.86385359000      1.000000000000
0 0 1 0 1.0
  0.31636276000      1.000000000000
0 2 4 6 1.0
  8.89311179150      0.069994449475
  5.46891122700     -0.235471418830
  1.35484730070      0.463154600070
  0.65494867461      0.488201847100
0 2 1 0 1.0
  1.34750494000      1.000000000000
0 2 1 0 1.0
  0.33245916000      1.000000000000
0 3 3 4 1.0
  5.00444454970     -0.021587364862
  1.77368233240      0.209586800860
  0.76950591696      0.437308805990
0 3 1 0 1.0
  0.68684632000      1.000000000000
0 3 1 0 1.0
  0.33189800000      1.000000000000
0 4 1 0 1.0
  1.05545000000      1.000000000000


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发表于 Post on 2021-10-15 16:40:59 | 只看该作者 Only view this author
没有什么实际意义,本身Gaussian做PBC计算就超慢

非要用的话就自己改,搞清楚Gaussian的基组定义格式,此文说了
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

Crystal的基组定义去看看手册,或者对照一下Crystal基组库里和BSE库里同名的基组定义,对照一下也大致能搞清楚怎么转换。

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-15 16:56:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-15 16:40
没有什么实际意义,本身Gaussian做PBC计算就超慢

非要用的话就自己改,搞清楚Gaussian的基组定义格式, ...

好的,谢谢Sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-16 13:33:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Ankh 于 2021-10-16 13:35 编辑
sobereva 发表于 2021-10-15 16:40
没有什么实际意义,本身Gaussian做PBC计算就超慢

非要用的话就自己改,搞清楚Gaussian的基组定义格式, ...

Sob老师,我想请问一下,我想对照Crystal和Gaussian赝势基组的定义,现在通过Stuttgart赝势官网http://www.tc.uni-koeln.de/PP/clickpse.en.html 对比了解的差不多了,可是我对其中对有效核电荷数的数值还有疑惑,我对Mo选Gaussian格式的ECP28MDF基组时,里头是:

Mo 0
ECP28MDF 4 28
G-Komponente

......

但是我选择Mo的Crystal格式的ECP28MDF基组时候,是:
242 <here, the number of valence-basis shells is needed>
INPUT
14. 0 2 4 4 2 0


......


都是Mo的ECP28MDF基组,但是Gaussian格式的有效核电荷数是28,Crystal格式的有效核电荷数是14,同一个基组两种格式下的有效核电荷数数值不一,是因为两种格式对有效核电荷数的定义不一样吗?恳请Sob老师解答我的疑惑

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发表于 Post on 2021-10-16 18:37:17 | 只看该作者 Only view this author
Ankh 发表于 2021-10-16 13:33
Sob老师,我想请问一下,我想对照Crystal和Gaussian赝势基组的定义,现在通过Stuttgart赝势官网http://ww ...

我不知道你哪里看的基组定义
ECP28MDF明确体现了被代替的核电子数是28,放什么程序里计算都一样
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-16 22:23:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-16 18:37
我不知道你哪里看的基组定义
ECP28MDF明确体现了被代替的核电子数是28,放什么程序里计算都一样

那根据crystal官网的用户手册,

242 <here, the number of valence-basis shells is needed>
INPUT
14. 0 2 4 4 2 0

这个14应该是effective core charge,有效核电荷数,那是不是就是28个电子被代替,然后还剩42-28=14个有效核电子?

学生愚钝,可参考的资料有限,恳请Sob老师再解答一下这个问题

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发表于 Post on 2021-10-17 05:23:57 | 只看该作者 Only view this author
Ankh 发表于 2021-10-16 22:23
那根据crystal官网的用户手册,

242

我对Crystal的格式不熟悉
Mo是42号原子,说不定这个14.0是指的价电子数(42-28=14)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-18 09:03:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-17 05:23
我对Crystal的格式不熟悉
Mo是42号原子,说不定这个14.0是指的价电子数(42-28=14)

好的,谢谢Sob老师

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