求助：mdrun之后报错

geralt14

纯新手小白求助！

报错内容。mdrun的指令是gmx mdrun -nt 4 -pin on -pme gpu -nb gpu -bonded gpu -update gpu -v -deffnm md
md.mdp:
title                        = OPLS Lysozyme MD simulation
; Run parameters
integrator                = md                            ; leap-frog integrator
nsteps                        = 50000000                    ; 2 * 50000000 = 100000 ps (100 ns)
dt                        = 0.002                            ; 2 fs
; Output control
nstxout                        = 25000                            ; save coordinates every 50.0 ps
nstvout                        = 25000                            ; save velocities every 50.0 ps
nstenergy                = 25000                            ; save energies every 50.0 ps
nstlog                        = 25000                            ; update log file every 50.0 ps
nstxout-compressed      = 25000                     ; save compressed coordinates every 50.0 ps
                                                    ; nstxout-compressed replaces nstxtcout
compressed-x-grps       = System                    ; replaces xtc-grps
; Bond parameters
continuation                = yes                            ; Restarting after NPT
constraint_algorithm    = lincs                            ; holonomic constraints
constraints                = all-bonds                    ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
lincs_iter                = 1                            ; accuracy of LINCS
lincs_order                = 4                            ; also related to accuracy
; Neighborsearching
cutoff-scheme           = Verlet
ns_type                        = grid                            ; search neighboring grid cells
nstlist                        = 10                            ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet scheme
rcoulomb                = 1.0                            ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw                        = 1.0                            ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype                = PME                            ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order                = 4                            ; cubic interpolation
fourierspacing                = 0.16                            ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling is on
tcoupl                        = V-rescale                    ; modified Berendsen thermostat
tc-grps                        = Protein_LTSV  water_and_ions            ; two coupling groups - more accurate
tau_t                        = 0.1             0.1            ; time constant, in ps
ref_t                        = 310              310            ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling is on
pcoupl                        = Parrinello-Rahman            ; Pressure coupling on in NPT
pcoupltype                = isotropic                    ; uniform scaling of box vectors
tau_p                        = 2.0                            ; time constant, in ps
ref_p                        = 1.0                            ; reference pressure, in bar
compressibility         = 4.5e-5                    ; isothermal compressibility of water, bar^-1
; Periodic boundary conditions
pbc                        = xyz                            ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr                = EnerPres                    ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation
gen_vel                        = no                            ; Velocity generation is off

sobereva

绝对不要用constraints                = all-bonds ，论坛里我都说了N次了（PS：网上一些以讹传讹的教程太害人了）



如果改成真正该用的constraints  = hbonds之后还这样，去掉-update gpu再试