水分子分子模拟时用VMD查看轨迹时，水分子显示问题

orangeUSTC

老师，您好！我用神经网络训练得到了一个可以模拟很多水分子的力场模型，目前模拟的是20个水分子，模拟步长是0.5fs，10fs保存一次轨迹，附件是截取的一部分轨迹，用VMD打开轨迹的时候，初始状态（初始结构）如下图所示 ，最后的轨迹如图所示（未进行wrap） ，随后对轨迹分别进行了以下指令：（1）pbc set {40.0 40.0 40.0} -all；（2）pbc box -center unitcell；（3）pbc wrap -center unitcell -all；得到了如图所示的结果： ,用Drawing Method中的VDM表示轨迹最后一帧如下图所示 ，可以看到有些水分子的氧原子与氢原子分离开来，在运行轨迹的过程中，也有这样子的情况，下图是其中第2533帧的情况如下图所示（附件1轨迹） ，还有轨迹中出现的其他情况（没在附件里）： 整个模拟过程中温度和能量表示如下图所示： 轨迹所属的时间变化为红色框中的所在范围，从温度变化图分析好像温度一直处于设定的模拟温度300K下进行变化，没有键断裂时的那种温度的突然上升。综上：我想问老师，对模拟轨迹用VMD进行wrap过后，用VDM表示以后出现了这种水分子氢与氧分离的情况是VMD表示的问题？还是模拟过程中水分子崩掉的问题？（力场的问题？）希望老师可以给予解答，谢谢！（备注：因为轨迹文件很大，所以从中选取了一部分轨迹，附件是从初始结构开始到2533帧）

sobereva

先搞清楚判断连接关系的逻辑
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

把连接关系显示合适了，根据氧和氢的位置、键长、键角，凭借基本化学常识理解到底轨迹有没有问题

orangeUSTC

sobereva 发表于 2021-10-21 00:40
先搞清楚判断连接关系的逻辑
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（ht ...

好的 谢谢老师，那我再看看~