用XTB做MD模拟参数设置求助

阿瞳 · 发表于 Post on 2021-10-21 09:42:37

想用gfn2-xtb 重复下sob老师用ORCA做的[Al(H2O)6]3+与NH3之间的质子转移的AIMD，初始构型用的就是sob老师优化好的[Al(H2O)6]3+加NH3，温度设置尝试了298.15（与博文相同），400 ，模拟时长设置了2ps,50ps,100ps,步长尝试了0.5fs,1fs,但是模拟出来的结果是这个质子就是不转移，然后NH3一直在[Al(H2O)6]3+周围转，想问下是不是参数设置有问题，还是xtb不适合这种体系

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-21 10:13:42

xtb默认用了SHAKE方法约束氢原子与相连的重原子的距离，因此不可能发生氢转移。必须关掉约束才行

阿瞳 · 发表于 Post on 2021-10-21 16:50:08

sobereva 发表于 2021-10-21 10:13
xtb默认用了SHAKE方法约束氢原子与相连的重原子的距离，因此不可能发生氢转移。必须关掉约束才行

老师，关掉SHAKE后发现可以重复[Al(H2O)6]3+与NH3之间的质子转移的例子，但我自己的体系中有个甲烷C-H键活化氢转移跑不出来，尝试了不同的温度，轨迹里都没有出现C—H断裂，但跑静态DFT时是可以找到C—H断裂的路径

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-10-21 19:21:47

阿瞳发表于 2021-10-21 09:50
老师，关掉SHAKE后发现可以重复[Al(H2O)6]3+与NH3之间的质子转移的例子，但我自己的体系中有个甲烷C-H键 ...

DFT算出来活化自由能多少？可以用Eyring方程把活化自由能换算成速率常数，看看你跑AIMD的时间尺度内这个氢原子转移能不能发生

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