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[CP2K] 请问cp2k如何计算极化率?

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各位老师好,

如题,请问cp2k如何计算极化率呢?还不太会,没找到关键词。想算一个生物大分子的极化率,或者有哪些软件、方法可以实现?想请各位老师指点一下,如果可以有相关教程最好,十分感谢!

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发表于 Post on 2021-10-21 23:59:20 | 只看该作者 Only view this author
先说清楚总共有多少个原子。
可能任何程序都没法算,或者就算有的能勉强给出数据,其精度也没实用意义。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-22 08:33:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-21 23:59
先说清楚总共有多少个原子。
可能任何程序都没法算,或者就算有的能勉强给出数据,其精度也没实用意义。

超过4000个了,我看振动分析都能做,就想是不是极化率张量也能算。。或者能不能抠出一个部分单独算?

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发表于 Post on 2021-10-22 08:34:49 | 只看该作者 Only view this author
Markmahao 发表于 2021-10-22 08:33
超过4000个了,我看振动分析都能做,就想是不是极化率张量也能算。。或者能不能抠出一个部分单独算?

振动分析在什么级别下做的?
你如果抠出来算,那就只是抠出来的部分的极化率
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-22 09:07:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-22 08:34
振动分析在什么级别下做的?
你如果抠出来算,那就只是抠出来的部分的极化率

AIMD,cp2k加travis算的,但他们体系没这么大,也配了单独的DFT,BLYP-D3算电子结构,是后面这个cp2k算不动?

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发表于 Post on 2021-10-23 03:56:57 | 只看该作者 Only view this author
Markmahao 发表于 2021-10-22 09:07
AIMD,cp2k加travis算的,但他们体系没这么大,也配了单独的DFT,BLYP-D3算电子结构,是后面这个cp2k算不 ...

那不是一般意义的振动分析方式,那是通过AIMD获得振动谱
可以通过有限差分方式算极化率,相当于加不同电场情况下算单点能然后代入到计算公式。算得动单点就能以这种方式算极化率
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-25 18:24:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-23 03:56
那不是一般意义的振动分析方式,那是通过AIMD获得振动谱
可以通过有限差分方式算极化率,相当于加不同电 ...

明白了,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2021-12-24 22:24:29 | 只看该作者 Only view this author
在FORCE_EVAL  section中添加以下部分,用线性响应方法计算。PRECONDITIONER  必须设置不然不收敛,FULL_ALL大部分都适用,有时不收敛可以换FULL_KINETIC or  FULL_SINGLE。单分子的结果与用加电场(建议E-6 a.u.量级)差分计算所得结果相差约0.01 a.u.
&PROPERTIES
   &LINRES
    MAX_ITER 100
    PRECONDITIONER FULL_ALL
    &POLAR ON
    &END POLAR
   &END LINRES
  &END PROPERTIES

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发表于 Post on 2022-5-11 08:49:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-23 03:56
那不是一般意义的振动分析方式,那是通过AIMD获得振动谱
可以通过有限差分方式算极化率,相当于加不同电 ...

sob老师,请问有该方法的计算案例或者文献参考么?

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发表于 Post on 2022-5-11 20:12:39 | 只看该作者 Only view this author
chaochao1118 发表于 2022-5-11 08:49
sob老师,请问有该方法的计算案例或者文献参考么?

如果你是要算极化率,下文介绍的Multiwfn创建CP2K的功能目前直接就可以在任务列表里选择计算极化率

使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html
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发表于 Post on 2022-6-10 15:14:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-11 20:12
如果你是要算极化率,下文介绍的Multiwfn创建CP2K的功能目前直接就可以在任务列表里选择计算极化率

使 ...

老师,您好!multiwfn手册中提到,极化率 α 是一个对称矩阵,且定义各向同性平均极化率是(XX+YY+ZZ)/3 ,但是我看cp2k输出的极化率张量并不是对称的,此时如何得到各向同性平均极化率呢?还是说依旧是XX、YY、ZZ的平均

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发表于 Post on 2022-6-11 16:00:51 | 只看该作者 Only view this author
GF1995 发表于 2022-6-10 15:14
老师,您好!multiwfn手册中提到,极化率 α 是一个对称矩阵,且定义各向同性平均极化率是(XX+YY+ZZ)/3 ...

如果偏离对称很轻微,是求解精度问题。把&PROPERTIES - &LINRES里的EPS设得更小可以令矩阵对称程度更高。实际中可以直接对本应对称的非对角元取平均
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发表于 Post on 2022-6-13 01:20:13 | 只看该作者 Only view this author
洁然不同 发表于 2021-12-24 22:24
在FORCE_EVAL  section中添加以下部分,用线性响应方法计算。PRECONDITIONER  必须设置不然不收敛,FULL_AL ...

线性响应计算很耗费时间,而且不容易收敛,差分更准。

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发表于 Post on 2022-6-13 10:14:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-11 16:00
如果偏离对称很轻微,是求解精度问题。把&PROPERTIES - &LINRES里的EPS设得更小可以令矩阵对称程度更高。 ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-6-13 10:28:48 | 只看该作者 Only view this author
洁然不同 发表于 2022-6-13 01:20
线性响应计算很耗费时间,而且不容易收敛,差分更准。

您好,我用线性响应方法迭代300后,还是不收敛,此时的结果能用吗?还是说要换您说的差分试试?如果用差分,关键词该如何设置呢?谢谢

本版积分规则 Credits rule

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