公社群聊Q&A整理： 2016.01.18 00 ~ 2016.01.24 11

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-1-25 00:32:52

相关概况请阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html

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2016.01.18 00:33:06
Q:
老师哪用orca优化250原子的体系主要考虑弱作用，用那个方法较好，
A:
即便是orca优化这么大的弱相互作用体系也很吃力。
还是用半经验吧
非要DFT那只能RI-BLYP-D3/def2SV(P) with gCP了。
Q:
是的确很慢，我就用老师说的BLYP-D3/def2SV(P) with gCP了。orca默认RI吗？sob老师
A:
对GGA泛函是默认的
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2016.01.18 03:27:56
Q:
我用multiwfn+VMD 画了类似这个的图[图片]，请问颜色标尺怎么弄出来啊
A:
ps
Q:
不太懂呢，sob老师
A:
graphics-colors-color scale
[图片]
把这个色彩刻度条自行用ps搞一下就完了
quite easy
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2016.01.18 08:40:03
Q:
[图片]
请问各位老师，在fch文件里，有四个壳层（shell），分别是0 -1 0 0
请问这是不是代表：1s sp 2s 3s ？
（自己感觉不合理，但又不知道应怎样解释）
A:
@民科是
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2016.01.18 08:50:59
Q:
老师，请问DFTB处理氢键比PM6之类好吗？
A:
不
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2016.01.18 09:20:56
Q:
老师，算Ce和W的氧化物，基组O用6-31G*，Ce、W用SDD可以吗？方法用M06、M062X哪个好？还是直接就B3LYP呢
A:
可以。
M06、B3LYP都行
Q:
恩，看过您的帖子，记得好像是说对于过渡金属氧化物m06比m062x要好，对吧？
A:
牵扯到过渡金属都是HF成份低的好
Q:
是因为d电子的静态相关作用吗？
A:
对
Q:
好的，谢谢
A:
HF成分高低跟动态相关的描述没直接关系
HF成分越低静态相关描述越好
Q:
动态相关与库伦相关关系密切，而HF根本没有考虑库伦相关，所以HF成分多少跟动态相关关系不大
A:
GGA泛函能一定程度表现静态相关，虽然并不完美
HF完全没法描述一丁点静态相关，所以显然掺入越多越糟
Q:
老师，m06的计算量是否是跟m062x一样，而比b3lyp要大些？
A:
对
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2016.01.18 10:00:51
Q:
请问，Multiwfn有过渡态初猜功能不？
A:
没有
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2016.01.18 10:27:15
Q:
[图片][图片]三种结构中对[图片]电子云的影响，怎么算呢
A:
最简单方法：算原子电荷
Q:
老师，请问原子电荷只能显示某一原子的正电性，怎样显示基团[图片]的正电性？
A:
加和啊
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2016.01.18 12:06:50
Q:
APEX4计算Mayer键级，输出文件中用什么关键词可以搜索到
A:
用Multiwfn算mayer键级不就完了，何故用它
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2016.01.18 12:55:59
Q:
算Mayer键级是不是不能用弥散函数？
A:
y
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2016.01.18 13:06:29
Q:
[图片]请教Sob老师，我想计算这个磺化酞菁钴分子，M代表Co，正二价，整个分子中性，我想知道这个分子的自旋多重度是多少。我自己查了无机化学课本，分子按平面结构处理，自己分析Co是dsp2杂化，然后有三个单电子，多重度应该是4，结构化学学的不好，不知道分析的对不对，求指点。另外，如果我把这2个分子堆叠放置，自旋多重度该是多少啊，谢谢！
A:
先确定单个再说两个分子
估计自旋多重度是2，一个单电子。
你可以2、4都算算看哪个能量低。
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2016.01.18 14:47:53
Q:
[图片]老师，用Multiwfn绘制DOS的时候，下面那个关于TDOS的那个竖直线经常性去不掉，我有时候选择6：Toggle showing TDOS Line,无论我选择y或者n，都还是显示的
A:
你得选toggle showing PDOS line
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2016.01.19 00:32:52
Q:
请教各位老师做gaussian计算的机器有必要用E5系列的服务器吗 E3够不够
A:
不在于E几，要看具体型号，关注的是频率及核数
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2016.01.19 00:37:16
Q:
好高级啊
请问各位老师~自由基结构的精细耦合数据：g-tensor，aN等在高斯文件的什么地方读取，我记得sob老师说过不用加关键词，开壳层结构会自动计算这些数据，我太菜找不到，，哪位老师有算过的麻烦不吝赐教，，拜谢
超精细耦合常数
A:
就是利用最后输出的原子核处电子自旋密度来计算
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2016.01.19 00:37:16
Q:
Multiefn结合VMD做拓扑分析时，按照教程操作之后，无法显示，请问有人知道为什么吗？非常感谢。
对啊
[图片]
刚开始是有的，就像文章中说的教程里说的一样，但是后来选择为points之后就不行了
还是不行
试过了
谢谢了啊
A:
尝试其它显示方式，诸如vdw
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2016.01.19 00:41:26
Q:
atomic-atomic spin densities吗老师，是要用什么软件计算吗，还是直接有公式可以算
A:
自旋密度是对三维空间中一个点而言的，没法那么说
Q:
谢谢老师，但还是不太明白，就是不能从out文件中直接读到，还需要做进一步计算是吗
A:
对于开壳层，末尾就输出了
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2016.01.19 00:45:24
Q:
Sobereva老师，看了你的博客，multiwfn可以计算分子平面的法向量，但是我在输入100，21，平面中心坐标和代表性原子序数后，突然multiwfn自动关闭，是怎么回事啊？
A:
肯定操作不对
Q:
http://sobereva.com/261
启动Multiwfn，输入以下命令
Fullerene_No.1-C2.pdb // C36结构文件
100
21 // 计算各种基于几何结构的属性
5,6,25,28,27,29 // 组成环的原子的序号，这些原子将会被用来计算各种基于几何结构的属性
从输出文件中我们看到了此环的质心
Center of mass (X/Y/Z): 0.96300000 -1.89100000 0.43750000 Angstrom
我们把质心坐标复制下来，然后输入
q //返回
24 //辅助计算非平面体系的NICS_ZZ
0.96300000 -1.89100000 0.43750000 //粘贴刚才的质心坐标
因为这个环本身不是平面的，因此也没有办法唯一地定义一个平面来代表它。我们这里输入2
8,29,6来用这三个原子来定义其平面，这么做从直觉上是比较合理的（对于六元环通常就是这样隔一个取一个原子）.
屏幕上显示
The unit normal vector is -0.23403136 0.93881929 -0.25268095
The X,Y,Z coordinate of the points below and above 1 Angstrom of the plane from
the point you defined, respectively:
1.1970313579 -2.8298192904 0.6901809519 Angstrom
0.7289686421 -0.9521807096 0.1848190481 Angstrom
告诉了你此平面的单位法向量，以及从刚才输入的环中心沿着法向量向上和向下分别移动1埃后的坐标。这两个坐标就可以设为Bq原子来计算NICS(1)_ZZ了。假设整个体系大体是个
平面，那么用这两个点的NICS(1)_ZZ值取平均是比较合理的。
我是直接把gjf文件拖进multiwfn中的
A:
/擦汗听谁说Multiwfn支持gjf的？
Q:
这个软件我没有用过。
只支持pdb吗？
A:
先看此文
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
当然不可能只支持pdb
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
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2016.01.19 00:47:30
Q:
请教sob老师如果主板能安两个
Intel[emoji] Core[emoji] i7-6700K Processor
(8M Cache, up to 4.20 GHz)
不一定要求双路运行两个cpu都能工作吗？
请教sob老师如果主板能安两个
Intel Core i7-6700K Processor
(8M Cache, up to 4.20 GHz)
不一定要求双路运行两个cpu都能工作吗？
A:
没法装在双路主板上用
Q:
奥奥是不是因为双路主板的接口？
A:
单路CPU只能在单路主板上用
Q:
奥奥好的假双路主板能用吗？
A:
什么叫假双路？
Q:
是我yy出来的就是可以安两个cpu但是不能双路运行
A:
没有这种情况
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2016.01.19 02:05:15
Q:
这款CPU
E5-2630 v3 (20M Cache, 2.40 GHz)
国内报价有多少？
A:
看淘宝
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2016.01.19 08:57:15
Q:
[图片]
请问各位老师，积分里的算符rc，是不是可以理解为：电子到原子核c的距离？
A:
是
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2016.01.19 09:40:44
Q:
[图片] sob老师本来分子快收敛了，结果有下降了，，可以让他强制收敛吗
A:
继续跑啊
能量还在降低
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2016.01.19 09:59:52
Q:
弱弱的问一下，CCSD(T)-F12/VTZ-F12这个方法和基组在高斯里面怎么输入啊？
A:
高斯不支持F12
molpro、orca、dalton、turbomole都支持
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2016.01.19 10:09:53
Q:
请问大家，gromacs里面nstep和frames的关系是什么？为什么我看nstep有10**7步而frame只有10**5帧？
A:
每隔一定step输出一个frame
Q:
谢谢sob老师，这个是在mdp文件里控制的吗
A:
是
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2016.01.19 10:10:11
Q:
请问sob老师，您提到几何优化时候，如果上述做法都不灵，干脆改成loose收敛限，但如果之后做振动分析容易有虚频。现在真有虚频了，结果能用吗，还是下一步要严格优化啊，谢谢！
A:
尽量别用有虚频的
实在搞不定的话，如果虚频涉及的原子不是感兴趣的区域勉强能用
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2016.01.19 10:12:18
Q:
谢谢sob老师，我用loose优化时，才优化了三步，就出现了 Convergence failure -- run terminated.Error termination via Lnk1e in /home/chem/g09/l502.exe at Mon Jan 18 ，那已经都用了loose了，该如何加关键词啊？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
谢谢sob老师，我刚才以为loose已经是opt不收敛的最后方案了，我再认真读读看，谢谢！
这不是opt不收敛
A:
opt不收敛和scf不收敛完全是两码事
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2016.01.19 10:16:23
Q:
sob老师我想问下用静电势面分析分析分子自聚，看到您的帖子说酚二聚体是羟基相互作用，那么苯的堆积有三种，这个要怎么分析哪
A:
苯之间静电相互作用强度不大，必须同时考虑色散作用
但即便如此，通过静电势等值线图，也能看出T型、平行位错的静电相互作用比面对面堆积要大，所以面对面堆积不是苯二聚体能量最低构型
效仿群共享里Revealing the nature of intermolecular interaction and configurational preference of the nonpolar molecular dimers (H2)2, (N2)2, and (H2)(N2)的方式作图，立刻就明白三种苯-苯构型下静电相互作用的差异了
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2016.01.19 10:18:39
Q:
求问个问题实验室买的机器是浪潮的刀片机十个刀片放一个机柜里的最近实验室要搬迁请问下这种刀片机自己拆容易坏么。。。
A:
没那么娇气。
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2016.01.19 10:23:31
Q:
请问各位老师，隧穿因子在化学反应中是扮演一个什么样的角色呢？
请问，隧穿因子的大小能够说明什么问题呢？
A:
越大隧道效应越强
不影响势能面，但是计算反应速率常数的时候需要考虑，会增大算出来的k
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2016.01.19 10:39:21
Q:
老师，想算苯系物苯环中C-C键能，以一个开环的结构作为初始，最后都优化到环闭合了，怎么办呢？[图片]
A:
没法得到苯环C-C键能
Q:
如果你搞成 H2C=C=C=C=CH2 或许更稳定
@蝶恋花
吐槽
[emoji]吐槽
H2C=C=C=C=CH2 为什么吐槽
实验做苯系物降解，应该有催化剂吧？
可以认为苯环C-C键断的可能性没有吗（键能太大）？
为什么吐槽 @Elaine
说原因啊
现在还没测到产物，所以想理论上算算各键键能。别的都好说，苯环C-C键断裂的结构死活优化不出来。刚问Sob说这个没法算。。。
实际过程必然也不是这样子的
先把反应中间体表征出来再说
[图片]但是如果有低碳的烷烃啥的检查出，不说明比如苯环开环了吗
必然开环
有了实验表征基本机理是一算一个准
我理解你的意思是如果计算优化不出来说明实际也走的不是这个路线，对吧？
有低碳烷烃那个就是最终产物啊
是否可以打碎成6个CH片段，分别计算能量乘以6，和苯环比较后，再把能量差除以6呢？但这就是平均的了。
道理上多么简单的问题，搞得这么复杂
不是搞复杂是领域有壁垒
第一和第三个CH2的互作怎么办？
梦的眼睛这招可以，虽然是个近似，看来也只能这样了
目前准确的方法只有一种基于分子振动的方法
有两个片段是CCH2，各片段能量加和
A:
可以先算一个苯的平均C-C键能（按梦的眼睛的做法），然后计算实际体系不同C-C键以及苯的C-C键的拉普拉斯键级，然后按照键级比值近似获得你的体系的那几个键的键能
拉普拉斯键级对于C-C键与键能关系极好
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2016.01.19 10:41:53
Q:
reaxFF中的力场参数是De单键解离能是通过morse势能函数拟合出来的么@Sobereva
A:
如果你说的是键拉伸对应的势函数，一般就是morse势
看原文
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2016.01.19 11:18:33
Q:
南开物理PRL是二区，来吧
大言不惭（站着不腰疼）地说：分区is shit！Get the real science！
恩有的小一区完全不是前5%嘛想啥呢....
A:
什么分区，都是学术泡沫
Q:
做计算一般博士要发多少个文章啊
A:
起码3篇一作
Q:
为什么我知道的都是要求一篇？/发呆
还没有IF限制
A:
那一般是学校档次问题
Q:
当然要求是要求，老板当然不会要求只一篇了
我说的学校就是一些985重点大学
A:
学校硬性要求是一方面，但基本上没三篇一作没脸毕业
有的学校甚至一篇都不明确要求
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2016.01.19 11:32:41
Q:
Sob老师，记得您以前给我提过，计算硫代硫酸盐时，需要考虑显性水分子？
A:
可考虑可不考虑，看情况和目的
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2016.01.19 11:32:41
Q:
请问sob老师，进行BSSE校正时候，结果里面的sum of monomers指的是单体什么情况下的能量，我需要用的是不是Counterpoise corrected energy ？
A:
就是孤立状态下没有虚原子情况的单体能量和
Q:
那是不是应该与单点能计算的单体能量之和相等？
我看结果是不一样的
请问sob老师，sum of monomers 是不是应该与直接采用单点能计算得到的单体能量之和相等？我看结果不太一样，请问是什么原因？
@Sobereva
A:
肯定是一样的，结果没搞对
Q:
我忘记了 sum of monomers 已经包含了形变能，而我单点能是进行优化后得到的，所以两者会有差异，应该是这个原因吧？
A:
y
Q:
那求团簇的结合能应该包含这个形变能吗，是不是应该用Counterpoise corrected energy 减去优化后的单体的单点能之和？
A:
需不需要包含取决于拿什么当参考值，这是自己决定的
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2016.01.19 13:14:31
Q:
TD算垂直激发中，比如S0-S1，可以看到轨道对贡献和系数，那么计算的激发能是不是各个轨道对的能量差有关呢？
A:
有一定关系，但关系没那么明显
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2016.01.19 14:32:03
Q:
请教各位老师，用G09 A1版本和G09 D1版本计算的结果应该是一致的吧？还有就是G09 D1版本比G09 A1的优势在哪里？
A:
优势多了去了，看官网上release note。比较显著的是支持wfx文件、支持更多泛函、支持DFT-D3，bug更少
那叫A01、D01，不要少了0
----------------------------------------------------
2016.01.19 14:54:16
Q:
嗯嗯，那两种版本针对同一个体系算出来的能量等性质是一致的吧
A:
未必
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2016.01.19 15:07:35
Q:
哦，我是因为之前一直用的都是G09 D01版本，但是现在在另外一个电脑上一直安装不上这个版本，只能先安装上G09 A01版本先用着
G09 C01版本比G09 D01版本好吗？
哦哦，原来如此，看来一定要整成一个版本才好
A:
D更好
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2016.01.19 15:07:57
Q:
请问Sob大侠，在NBO分析中，如何正确理解在 BD*,LP*这些能量很高（+0.2 ~+0.5 Hartree）的轨道上仍然有可观的布居数？我的一个化合物算下来在反键轨道有1.265和电子布居。
A:
尝试更新的NBO版本，可能结果会有所不同。
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2016.01.19 17:10:31
Q:
老师们好，请问做NPA电荷，结果里想找原子键级总和Wiberg bond index, Totals by atom:，但为什么搜索的时候有三个？
A:
开壳层会输出三次，total, alpha, beta
Q:
第一次是total？
A:
仔细看输出文件，都会标着
----------------------------------------------------
2016.01.19 17:13:49
Q:
请问范德华力属于静电力么？
请问可不可以这样理解啊，范德华力本质上属于静电力，但是其强度较小，比氢键作用要若的静电作用？
A:
完全错误
范德华作用中的色散部分来自于电子相关作用
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2016.01.19 17:17:59
Q:
恩，这个我看过了，还有Sobereva老师的那篇文章，
[图片]不过还没有理解
http://sobereva.com/58 是要这个么？
A:
不要看那个
那个是很早很早年写的，有一点民科成份
[图片]
[图片]
[图片]
----------------------------------------------------
2016.01.19 17:27:32
Q:
sob老师，今年秋季希望光临上海开量化科普班[表情]
A:
可能性较高
Q:
不是说五月有个Gromacs班么
A:
不冲突
Q:
也是sob 主讲？
A:
y
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2016.01.19 18:17:31
Q:
对于含过渡金属及色散力的体系，在Gaussian 09 A.02版里应该采用何种泛函优化为宜？MZ06-2X可以吗？
A:
可
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2016.01.19 18:58:07
Q:
M06,M06-2X都可以吧？
http://blog.sina.com.cn/s/blog_48ae7fde0101ple5.html
【链接】[转载]转载：不同DFT方法的比较与选择
A:
M06对弱相互作用比M062X略差
M06L对弱相互作用的描述能力也远比M062X要差
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2016.01.20 02:19:54
Q:
请教老师用b3lyp/6-31G（d，p）优化苯并咪唑，选中原子的部分出现虚频，如何处理，是我初始构型不对吗[图片]
-45
A:
看看对应的虚频振动模式，如果是甲基的旋转，并且你优化时用了CS对称性，肯定是由于约束了对称性造成的虚频。人为扭转一下甲基破坏对称性再优化。
----------------------------------------------------
2016.01.20 02:19:54
Q:
6.0 高能量轨道上电子布局减少，但还是有0.3
A:
0.3就算合理范围了
----------------------------------------------------
2016.01.20 02:19:54
Q:
请问NBO中的RY*这个Rydberg弥散轨道到底是个什么轨道，网上就只说这个轨道叫这个轨道。。。没什么含义啊感觉
什么什么？
噢~建勇是在跟我说那个RY是吧
OK我去找找~谢谢
太有爱了！
A:
没有什么意义，可以自行看轨道图形考察
----------------------------------------------------
2016.01.20 02:19:54
Q:
[图片]请问这个出错信息是什么原因造成的？
[图片]
求助群里知道的老师
A:
别把g09装在带空格、括号的路径下，尝试装到其它地方再试
----------------------------------------------------
2016.01.20 02:19:54
Q:
问2个基础问题，1.为什么6-311G（d）比6-31G（d）准确；2.算超计划率的时候要加弥散函数吗，求群中各位老师指点
+和++区别大吗
那我用两个精确度是否会提高
A:
1 因为是价层三分裂，能更好地
描述价轨道在分子环境中的膨胀与收缩 2 必须加
----------------------------------------------------
2016.01.20 02:19:54
Q:
[图片]请问各位大神，在Gaussian进行CASSCF stateaverage计算时各态权重给出的格式“nF10.8”是什么意思呢？
A:
小数点后面8位，整个长度10位。学过fortran的人都知道
----------------------------------------------------
2016.01.20 02:19:54
Q:
请问如何看基态的偶极矩和激发态的偶极矩
是不是用DENSITY=ALL就可以计算激发态的偶极矩？
A:
默认输出基态偶极矩。激发态计算时写density则最后输出的变成root所选的态的激发态偶极矩
----------------------------------------------------
2016.01.20 05:35:32
Q:
谢谢！我现在比较关心的是，这些布局数如何理解？在正能量的轨道上有电子，看来很不可思议。是NBO的误差造成的吗？还是可以用来讨论问题的合理结果？烦请Sob在较深理论层次上给出原因，谢谢！使用较小基组后，这些电荷有所减少。这些布局对中心金属的电荷有很大影响。
A:
你看看对应的成键轨道的占据数。如果偏离整数比较远，说明这两个原子电子共享不那么充分，暗示可能键偏弱。
----------------------------------------------------
2016.01.20 06:05:26
Q:
哦，我再看看。/呲牙
sob每天不睡觉吗/疑问
A:
醒来刚过4个小时
Q:
早晨从凌晨开始
A:
真忙
----------------------------------------------------
2016.01.20 09:37:42
Q:
ONIOM里uff=Qeq，算完怎么查看每个原子的电荷？
A:
QEq电荷是计算一开始就输出的
Q:
我发现只有QM的原子mulliken charge有显示数值，但是MM 原子的mulliken charge都是零
我发现只有QM的原子mulliken charge有显示数值，但是MM 原子的mulliken charge都是零，这样结果是对的吗？
A:
MM区域又不做量化计算当然是0了
Q:
我以为用了uff=qeq 会给每个原子赋值。。因为用material studio MM算的时候用qeq会给每个原子个数值，ONIOM和material studio不同？
A:
会啊
----------------------------------------------------
2016.01.20 09:45:59
Q:
请问sob老师，NBO分析能得到XPS谱吗？
A:
八竿子打不着
----------------------------------------------------
2016.01.20 09:48:58
Q:
山坡下、有棵树撤回了一条消息
[图片]
祝福群内某人新婚快乐！
[表情]
[图片]
A:
梦藏秋啊
----------------------------------------------------
2016.01.20 11:26:43
Q:
NBO键级怎么做呢？NRT分析的时候都会输出吗，还是需要额外的关键词呢
A:
没有所谓的NBO键级
Q:
[图片]NBO6.0手册做NRT输出的这个是什么键级呢，sob老师
老师有篇文章说过nbo分析输出的三种键级
A:
谈谈NBO中用bndidx关键词输出的三种键级
http://sobereva.com/74
这是NRT键级
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2016.01.20 12:11:45
Q:
群共享中的NBO6.0（配库）下载了，怎么打不开程序啊？
A:
压缩包里用法已经写得很清楚了，不要以为是图形界面程序
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2016.01.20 12:15:36
Q:
[图片]
[图片]
如何通过这个说明甲醛分子发生了电荷转移
抱歉，只看下面那张图
，对甲醛如何进行片段求和
假如分析氧，是把和氧相连的原子算作一个片段进行分析吗
假如分析氧，是把和氧相连的原子算作一个片段进行分析吗
定性分析的话看看multiwfn里的电子-空穴分析章
好的，非常感谢@冰释之川
A:
电子-空穴分析是讨论电子激发过程电子转移的
最简单的定量考察方法就是用原子电荷加和为片段电荷，比较初态和末态的变化量
讨论电荷转移问题的方法在
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
文中第7节也讨论了
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2016.01.20 12:17:32
Q:
看来了Sob老师关于过渡态、反应路径的计算方法及相关问题的帖子，觉得总结的很好—大家知道这个原文在哪里下载吗
A:
原文指什么？
Q:
您在博文上说如果有兴趣可以看一下原文我就想问一下
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=105
估计是指这个
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2016.01.20 13:38:59
Q:
请问谁知道G03输入文件中Field=z+10是沿着Z方向加了多大的场？
A:
0.001a.u.
Q:
老师，我不太明白a.u.对偶极场到底是多大。。
能换算成偏压吗？
奥，我搜过换算关系，就是这个物理图像不怎么清楚
这是说体系整体具有了0.001a.u.的能量吗？
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=189
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2016.01.20 14:08:59
Q:
秋老师，为什么ABCluster网页下载如此之慢
Simulaneously...............
碰巧我也想写一个套搜索全局最优构象的程序
构想搜索 sob老师有一个收费的
molclus
那我一会把它放到个国内的镜像上
侧重点不同
好像是 MD和高斯联用
恩恩，多谢！上次听您的报告，ABCluster好像可以直接制定水分子的个数，然后输出一个稳定的团簇？
是的
恩恩，多谢
A:
molclus后来经过扩展已经完全可以脱离MD了，只要挂着量化程序就行了，使用极其方便，见
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2388
genmer：生成团簇初始构型的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2369
加入gentor和genmer子程序后，molclus易用程度有了翻天覆地的提升
Q:
我对比了一下 genmer和ABCluster 对(H2O)6的搜索两个可以结合起来用
A:
PS：近期用molclus搜索Yb原子团簇，效果意外得好，看有人搜索Li 1~7团簇还用专门的GEGA算法，被我暗中嘲笑一番
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2016.01.20 14:37:23
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
祝贺Multiwfn取得计算机软件著作权登记证书
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2589
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2016.01.20 18:37:52
Q:
[图片]
这个图怎么做
填色图会做这个不会做
谁记得sob老师在哪个帖子提到过把orca的输出文件转换成multiwfn
A:
手册4.4节有作等值线图的例子
转换成.molden格式，怎么转手册第四章开头有说明
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2016.01.20 19:29:03
Q:
[图片]请问，有人知道怎么做这个自旋密度图么？
A:
[图片]
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2016.01.20 19:45:02
Q:
有沒有Maestro做 conformational searching 的教程？
A:
无
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2016.01.21 06:14:02
Q:
[图片]请问：（a）图类的差分电荷怎么处理才能得到？
A:
用Multiwfn计算密度差格点数据再绘制电荷转移曲线，看手册4.13.6节的例子
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2016.01.21 06:19:17
Q:
大家这本书吗？ Advanced Computational Chemistry Lab
A:
不用
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2016.01.21 06:19:17
Q:
请问老师，如何使用Multiwfn做某个轨道的电子密度？
A:
用主功能6的选项26先把其它轨道占据数清零，然后照常计算电子密度即可
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2016.01.21 06:20:56
Q:
我绘制个43个原子静电势能面，发现好慢
怎么让muitiwfn并行，运行[图片]才用了[图片]
A:
默认是4核并行，settings.ini里nthread设定。
个别函数或功能可能没有并行化。
光是绘制静电势表面用gview速度更快
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253
但要更高级必须用Multiwfn+VMD
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
可以利用cubegen来显著降低静电势部分的计算耗时，看手册4.12.7节
Q:
万能的群
怎么作Molecular surface electrostatic potential 的图呢
[图片]
像这样的Molecular surface electrostatic potential 怎么画啊
就是使用这个软件，然后再这个软件生成，是吗，谢谢！
那是。。。
OK，谢谢啦
我发现斯巴达可以画这个
我不是老师。。。我们系里电脑上才有，我自己没有啊。。
不行啊。。那个证书是系里买的
我们只是用户而已。。
哇，我真傻，真的，高斯就可以弄嘛。。
嗯 [表情]
嗯 /微笑
哈哈却是
确实
谢谢万能的群
我搞定了
[图片]
A:
你贴的图是WFA程序结合高斯cubegen程序作的。图省事直接用gview作就完了。
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2016.01.21 08:36:44
Q:
我想请教各位老师一个问题：
（问题稍长，十分抱歉）
加入一个分子并不具备完美的对称性，比如一个苯环上一个氢原子被乙基代替。这个时候笨分子丧失了完美的对称性。但苯乙基仍有很好的对称性，所以在分子的态的分类上让然沿用苯分子的。比如苯乙基基态分子波函数的对称性，激发态波函数的对称性仍可沿用苯分子的对称性。再比如苯乙基的跃迁禁阻仍然与苯分子很相似。
现在问题来了，对于苯分子，量化软件可以很容易地根据对称性进行分类，也能够准确地分析苯分子轨道的对称性。但是，对于苯乙基，由于
分子没有完全的对称性，因此波函数也没有完全的对称性，这就给分析造成了困难。
请问，对于这种非完全对称性的分子，应该怎样对它的对称性进行不太严格的分类？
多谢多谢多谢./太阳/太阳/太阳
我想请教各位老师一个问题：
（问题稍长，十分抱歉）
加入一个分子并不具备完美的对称性，比如一个苯环上一个氢原子被乙基代替。这个时候笨分子丧失了完美的对称性。但苯乙基仍有很好的对称性，所以在分子的态的分类上让然沿用苯分子的。比如苯乙基基态分子波函数的对称性，激发态波函数的对称性仍可沿用苯分子的对称性。再比如苯乙基的跃迁禁阻仍然与苯分子很相似。
现在问题来了，对于苯分子，量化软件可以很容易地根据对称性进行分类，也能够准确地分析苯分子轨道的对称性。但是，对于苯乙基，由于分子没有完全的对称性，因此波函数也没有完全的对称性，这就给分析造成了困难。
请问，对于这种非完全对称性的分子，应该怎样对它的对称性进行不太严格的分类？
多谢多谢多谢.[表情][表情][表情]
我的问题归结起来就是：怎样对分子/轨道进行“粗分”，而非严格的分类.
A:
不用管
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2016.01.21 09:40:22
Q:
老板让我在算小分子的时候加弥散……像苯啊甲烷啊这种中性有机小分子的构型优化和频率计算，我知道不该加弥散，如果加了的话会有什么坏处吗？　看了老师的http://sobereva.com/119一文，感觉文中所列的问题对我的目的都无所谓
我是觉得没必要加就不要加/流汗
A:
不加
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2016.01.21 09:40:22
Q:
各位，问个比较弱的问题，我们优化后得到的偶极矩dipole moment是分子偶极矩对吧？能通过计算得到某个键的偶极矩么？
A:
是
可以算，但键偶极矩没有唯一定义，计算方法很多。
Q:
老师，高斯算的话，是有特定的命令么？或是说Multiwfn就可以给出？
A:
以前回复过，这里再贴一次
有多种方法计算键偶极矩
(1)Multiwfn里做ELF、LOL盆分析，计算对应于成键的盆的电多极矩（包括偶极矩）。参考手册4.17.2节或《使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析》（http://sobereva.com/179）
(2)进入Multiwfn主功能200，选2 Calculate atomic and bond dipole moments in Hilbert space，原理在手册3.200.2节有详细介绍
(3)用Multiwfn的模糊空间分析功能，选8 Perform integration in fuzzy overlap region for a real space functions，被积函数选择自定义函数。在计算之前，应当通过settings.ini的iuserfunc将自定义函数切
换至21~23，详见手册2.8节的相应介绍。
(4)用NBO程序的dipole关键词，可以输出NBO和NLMO的键偶极矩，键偶极矩加和就是分子偶极矩。对于高斯，直接写pop=nboread并不会输出键偶极矩，必须在后面空一行再写上$NBO dipole $END才行。
每种方法结果和原理都有很大差异，毕竟键偶极矩本来就没有确切定义。(1)的原理最清楚，(2)最简单快速，但可信度逊于(1)，且不能用于有弥散函数的情况。(4)也可以。(3)不推荐。
(1)也可以用于多中心键，但多中心键必须能够以ELF/LOL盆描述出来，比如H3+的三中心键。如果是比如芳香环的pi多中心键，就不适合了。
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2016.01.21 09:46:03
Q:
Sob老师，请问TD和SP（单点）的结果相减，能否得到自旋密度差？如果不能的话，有办法表示TD前后电子分布的变化导致的自旋密度变化吗？
.早上好，十点了......民科老师七点多就上线了
A:
不能
对于T1，用0 3计算得到自旋密度图就完了
Q:
谢谢老师，想知道为什么不能呢？难道TD density得到的电子密度不包含自旋的信息吗？
A:
不包含
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2016.01.21 10:20:58
Q:
Exploring Chemistry with Electronic Structure Method, Second Edithion, James B. Foresman Aeleen Frisch 最近在看这本书学习gaussian 软件，但是发现这本书是针对高斯94版本，有没有关于高斯09版本的学习资料推荐下，谢谢。
A:
你只能买第3版
不过第二版大多数关键词在09里也能用
Q:
额，有电子版没
额
A:
额，刚出哪可能有
Q:
我现在有一本第二版的书，
A:
以后把额也加入禁词
Q:
好的。说嗯，/冷汗
A:
令人不悦
Q:
以后用嗯代替额/流汗
A:
原理上没影响
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2016.01.21 10:23:11
Q:
请教各位老师，使用opt=gdiis关键字优化对最终能量有什么影响吗？谢谢~
A:
原理上没影响
Q:
好的，谢谢Sobereva老师
sob老师，我在算分子轨道重叠，按照你的帖子在做两个分子格点乘积是出错了，[图片]，麻烦老师了
A:
路径写得不对
Q:
[图片]老师我的高斯是装在服务器上的该怎样输入高斯函数的可执行路径呢？
A:
你要算什么问题？
如果你直接用g09命令就能调用高斯，直接写g09就行
想获得完整路径就which g09
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2016.01.21 10:30:22
Q:
老师，在酸性条件下，也就是溶剂为弱酸性，A和B反应，B从溶剂中得到质子，带正电荷，A不与溶剂反应，考虑A与带正电荷的B是不是带正电荷与带负电荷的原子反应，是不是优化一下A的结构看一下这个原子上所带的电荷就可以了？
A:
恩
Q:
那优化结构也要在这个溶剂下吗？
我那朋友溶剂用的BR缓冲液，gaussian并没有这个，应该怎么做？
A:
姑且先不管溶剂
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2016.01.21 10:35:41
Q:
sob老师是不是multiwfn算轨道数时不包括lumo轨道
A:
什么轨道数？
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2016.01.21 10:38:56
Q:
各位老师，想问下高斯半经验方法计算过渡态和频率可靠吗？比如PM3之类，需要算一个87个原子的频率，等得时间太久，我想用半经验方法算个初猜结构，又怕它跑到错误构型上去
A:
有很多问题半经验给出的过渡态和DFT结构大同小异，当初猜或者用于粗略研究没问题。但有些情况半经验的过渡态和DFT完全不同
87个原子DFT在6-31G*下算频率还是能算的，只要机子不是太烂
Q:
谢谢sob神，我现在用uhf、3-21+g*想算个初猜结构，一晚上就跑了一步，真心吐血，该忽悠老板买新机器了，哈哈
A:
去掉弥散
弥散极耗计算时间
别用UHF，用DFT
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2016.01.21 10:44:10
Q:
老师我用您说的方法但还是没有找到高斯函数的可执行路径是由于我的高斯是装在服务器上的，而Multiwfn是装在自己电脑上的原因吗？
A:
是高斯程序不是高斯函数。你机子上没装高斯当然调用不了了
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2016.01.21 10:44:31
Q:
老师们好，请教一个linux系统操作的问题，求勿喷。请问用自己的PC登陆到服务器投算，为避免PC关了客户端窗口或者关机，那边的任务不要停止，我提交任务用nohup g09.....&，但是一关窗口还是停了。请问怎么解决呀？/尴尬
A:
退出时用exit命令，不要直接关闭终端
Q:
用推出命令exit
A:
/鼓掌
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2016.01.21 10:45:50
Q:
sob老师[图片]82.83是前线轨道的编号，还是[图片]是homo轨道的编号，我输入的fck文件
A:
当然是82啊。你用fch文件时这里的398是能量最高那个非占据轨道
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2016.01.21 10:54:28
Q:
老师好！我这里有个显示图片的程序，但是一运行，就提示：error while loading shared libraries: libglut.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory，请问老师该怎么解决
A:
网上搜libglut.so.3，找包含此文件的包，装系统里就完了
Q:
老师好，网上有人说装freeglut， [图片] 但是我没有root权限，运行yum install freeglut的时候提示我需要先获得root权限。
请问老师没有root权限，应该输入什么命令安装？
A:
下个freeflut包，把里面的libglut.so.3解压出来，放到某目录下，然后把这个目录添加到LD_LIBRARY_PATH环境变量里
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2016.01.21 11:03:37
Q:
Mayer键级对方法基组挺敏感的，有合适的算过渡金属Mayer键级的方法和基组推荐吗
A:
建议2-zeta基组，比如def2-SVP
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2016.01.21 11:04:45
Q:
各位老师好，想问一下关于计算用的计算机设备配置的事，
[图片]
目前了解到是要做有机半导体材料的计算，老师也是刚接触，让我报上需要的计算配置，可我不懂，请教各位老师，怎么回复？谢谢啦/磕头
组里的是做OTFT OLED材料的，平常的体系是几十个原子到一百个以内吧，会做一些迁移率激发态和其他性质的计算，还有晶体结构计算模拟，需要的配置大概是什么样子的，请教做计算的老师指点~万分感谢！
有没有老师能帮忙解答一下/可怜
A:
一般双路8核（共16核），64GB内存就行
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2016.01.21 11:08:53
Q:
静电势图的标尺怎么显示在侧边啊？希望能给予些指点
请教一下，高斯优化加上scf=vshift对结构会有什么影响？
A:
ps
没直接影响
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2016.01.21 11:12:22
Q:
关于电荷分析,请教一下老师.bader,mulliken,Hirshfeld,nbo等分析法有什么侧重应用范围.比如说轻元素组成的晶体结构,用什么分析好?谢谢/抱拳
A:
看群共享原子电荷计算方法的对比
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2016.01.21 12:11:34
Q:
在气相里进行MD，需不需要加抗衡离子进行电荷中和？
A:
气相下本身就不会电离，更不用中和
Q:
那，气相条件下和液相条件下PDB的拓扑会不一样呀，气相下有些残基不电离，液相下电离了。
溶剂化的配体-蛋白复合物的拓扑和气相下配体-蛋白复合物的拓扑在某些残基处会不一样，怎么办？
影响结果吗？
A:
拓扑是不一样。
真空下做动力学模拟的时候不要电离，但做MMPBSA已经是溶液下跑完的轨迹了，虽然做MMPBSA其中涉及真空计算，但这时候拓扑文件和溶液下一样。
----------------------------------------------------
2016.01.21 14:04:18
Q:
[图片]请问老师知道Grimme方法对于弱相互作用描述的参数在哪里可以找到呢
A:
dft-d3程序源码里
----------------------------------------------------
2016.01.21 14:09:10
Q:
sob老师我做rdg图，为什么会出现弱作用区与分子相连了[图片]
不好意思刷屏了这个图怎么这么大
A:
并没什么问题
作RDG=0.5的等值面图时候也不会在那个位置相连
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2016.01.21 17:02:20
Q:
Gromacs可以计算介电常数吗？
也关心关心我嘛，
Gromacs能算介电常数吗？
哈哈哈
我一直在。
从未走远
液体的介电常数呢？
ms里那个好像是算固体的吧。
咋又不关心我呢，
介电常数！！
/微笑
贻笑大方！
我只是找到许多文章，没有找到软件。
Gromacs不能算吗？
/微笑
以前知道用Gromacs算的，
但是不会，问一问高人们。
A:
能。字号小点！
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2016.01.21 17:13:55
Q:
老师：请问这个地方还能用吗？https://gitorious.org/gimic[图片][图片]
@Sobereva
A:
不能了呗
Q:
那请问老师还能在哪下载呢？
A:
刚更新了一下博文，给了下载地址
[图片]
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2016.01.21 17:17:28
Q:
Scalar relativistic (SR) calculations, within the zero order relativistic approximation (ZORA)可不可以翻译成”零级近似的标量相对论计算“
A:
可以
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2016.01.21 18:04:02
Q:
最近在用ADF做点东西，但是组里没有买ADF，自己申请的试用版的ADF也过期了，但我还想继续用ADF一个月。有网友说，可以修改电脑时间而继续使用ADF，对这个我不太确定，修改电脑系统时间后使用ADF是否会被ADF公司跟踪到？
赞。
A:
应该不会
Q:
主要是我怕被ADF公司跟踪到。因为用ADF试用版的时候，会收到一封邮件，上面显示自己电脑的一些信息。
[图片]
修改系统时间后，还是用不了
ADF
刚才在网上看到有人破解ADF的帖子，其中有一句话[图片]，我不太明白C32Asm 是什么，然后上网搜，但无法打开网页。想问: C32Asm 是什么？
A:
大抵是某反编译软件，懂汇编的人可以靠这个破解程序
以前破解AIM2000也是类似做法
破解AIM2000 ver2.0 demo版的流程
http://sobereva.com/76
不过现在此帖早已没意义，AIM2000被Multiwfn完全取代了
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2016.01.21 19:11:37
Q:
[图片]
分子朝向的问题，我采用的还是3个原子确定一个平面的方法所选取的面
A:
你若想摆正，作图时延展距离设大，然后ps。或者恰当地用三个点定义作图平面，看手册3.5.2节的图示
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2016.01.21 19:13:39
Q:
老师，看到这个千万不要生气哦[图片]
这就是我们组之前发的文章，一群糊涂虫子
[图片]所以你们还认为吉林大学有救吗
为什么要生气？没看懂。
第一个死都不能用，第二个去掉后面的零碎
A:
好丑陋的关键词
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2016.01.21 19:14:41
Q:
嗯，好的，谢谢老师，请问延展距离的单位是？
A:
屏幕上写着
Q:
它说的是范围是1_5.默认的是4.5波尔，那么也就是最多能延展5波尔？是吗？
A:
那是选项1~5！
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2016.01.21 19:18:01
Q:
请问老师，我在计算单点能时出现了 l301 的错误，该怎么解决呢
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
末尾写着
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2016.01.21 19:18:27
Q:
[图片]老师，我作图中间这个位置，怎么理解？不是很明白
A:
看填色等值面图，别看这种图，没什么用
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2016.01.22 04:58:48
Q:
atomization energy 这个能量怎么理解？
A:
分子解离成无限原理的原子所消耗的能量
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2016.01.22 04:58:48
Q:
请教一个问题，原子电荷对构象的依赖度大吗？
有机小分子呢？
如果构象变化较小呢？
象分子力场参数里面，原子电荷都是固定的。
如果原子电荷变化得厉害，那么MM方法对静电作用就算不准。
极化力场现在用得不多吧
很蛋疼是不是？
苦海无边，回头是岸。。。。
A:
看你用的什么电荷。一般的拟合静电势电荷诸如CHELPG对构象依赖性很大，但MD过程中构象又肯定不断变化，所以RESP、AM1-BCC电荷专门考虑了这点，使得电荷随构象变化尽量小一些。
NPA、Hirshfeld电荷随构象影响不大
----------------------------------------------------
2016.01.22 04:58:48
Q:
[图片]
刚在文献看到一公式，看着别扭，请有经验的老师讨论下。
这个公式是用来计算跃迁偶极矩的。|GS>代表基态，|EX>代笔激发态。
Ni是number operator， ri是第i个原子轨道的中心坐标（central coordinate）.
我觉得这个公式的第二个等号问题，因为在跃迁偶极矩的计算中，ri应该放在积分里边。在这里作者将ri拿到积分外边，我自己感觉不妥。
还请有经验的老师指点一下，多谢多谢多谢.
多谢多谢多谢Tao老师.
是的，同时每个轨道也表现出u，g对称性的交替.
Tao老师说的对，我刚刚google到：
[图片]
g u是说轨道有无反演中心.
不对，若有反演中心则为g，若无反演中心则为u
若一个分子有反演中心，但该分子的一个轨道没有反演中心，那么在反演操作下，该轨道应该会变成它的负，也就是由a变成-a，这是不是就说明了轨道的奇偶性呢？
不好意思，乱说的，没有证据.
yes..
A:
是的，r拿到外面严重完全不对
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2016.01.22 05:03:56
Q:
http://wenku.baidu.com/view/3dd97818c5da50e2524d7f90.html求文献
A:
百度文库的东西用冰点下载，没必要求
这个用sci-hub应当也能下，看群共享群规的说明
直接进去下
http://www.sciencedirect.com.sci-hub.io/science/article/pii/S0301679X07002046
好好用sci-hub
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2016.01.22 08:56:18
Q:
请教sob老师当使用scf=yqc的时候
现在跑到：
Iteration 2 EE= -34045.3681617809 Delta-E= -17.130356188049 Grad=1.878D+00 Max rot= 1.4078 deg.
Iteration 3 EE= -34046.7269266532 Delta-E= -1.358764872304 Grad=8.997D-01 Max rot= 0.8478 deg.
Iteration 4 EE= -34047.0018541948 Delta-E= -0.274927541614 Grad=4.967D-01 Max rot= 0.5356 deg.
Iteration 5 EE= -34047.0800742826 Delta-E= -0.078220087802 Grad=2.814D-01 Max rot= 0.3681 deg.
Iteration 6 EE= -34047.1063344326 Delta-E= -0.026260150014 Grad=1.676D-01 Max rot= 0.3728 deg.
Iteration 7 EE= -34047.1148652781 Delta-E= -0.008530845516 Grad=9.893D-02
Max rot= 0.1184 deg.
Iteration 8 EE= -34047.1202836736 Delta-E= -0.005418395507 Grad=3.569D-02 Max rot= 0.2089 deg.
是不是当Delta-E很小的时候就能收敛?
现在基函数比较多有6000多个
A:
是
----------------------------------------------------
2016.01.22 08:56:18
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
讨论成键本质问题
----------------------------------------------------
2016.01.22 08:57:33
Q:
请问老师，在运行irc的时候出现这种错误是怎么回事？
A:
IRC里写LQA
----------------------------------------------------
2016.01.22 08:59:29
Q:
另用Multiwfn 算原子偶极矩校正的Hirshfeld电荷(ADCH)，用哪几个数字进入该模块？
A:
7布居分析，然后11，手册4.7.2节有例子
----------------------------------------------------
2016.01.22 09:04:39
Q:
sob老师早上好，学生有一个不太成熟的想法不知道是否值得一试：
我的opt与freq都是基于aug-cc-pvdz基组计算的，但是我记得您说过，弥散的基组对自旋密度的效果很差，于是我想，我是否能去掉弥散的部分，用cc-pvdz这个差不多精度的基组去跑一个单点，然后去算自旋密度的布居分析，谢谢老师
A:
是误解。弥散函数跟自旋密度没关系
本来一般体系opt freq就不需要弥散函数，还计算量猛增
Q:
好的~谢谢老师
恩，我以后会注意，再次感谢
老师，那也就是说，如果我想得到aug-cc-pvdz精度下的能量，我在opt和freq的时候用cc-pvdz跑，然后最后再用aug-cc-pvdz跑这样得出的数据是合理的，方法是可行的？
aug-cc-pvdz跑一个单点
A:
y
----------------------------------------------------
2016.01.22 09:25:56
Q:
请教sob老师和其他老师 scf=big的关闭可选步骤O(N^3) 是什么含义？
A:
有啊
Q:
研究电荷转移（如HOMO[emoji]LUMO跃迁）
----- 我不做光反应，对我没用。
考察成键方式（成键轨道是由哪些原子轨道组成的）
------ 没有什么用处吧？
预测活性位点（前线轨道理论）
----------- 后面有更精确的方法
A:
都有用，只不过你的研究不牵扯到而已
----------------------------------------------------
2016.01.22 09:27:57
Q:
@sob老师你好。我想用mp2算拉曼，发现优化家频率一起很慢，分开的话很快嘛
嗯，这里指的是对我没用。
A:
用DFT啊
MP2频率比DFT慢得多得多
----------------------------------------------------
2016.01.22 18:15:42
Q:
老师 2016有啥培训计划想参加一下,单位要求现在报培训计划,谢谢
大约几月份举办?
A:
5月在北京办gromacs分子动力学程序培训班，可能基础量子化学培训班也在5月于北京办一次。下半年在外省市打算再办一次基础量化培训班，预计10月下旬。
----------------------------------------------------
2016.01.22 18:15:42
Q:
sob老师说的收敛的方法尝试opt(gdiis,maxstep=x,notrust)，这里的notrust是干什么的，网上没搜到
E老师知道吗, opt(gdiis,maxstep=x,notrust)，这里的notrust是干什么的，网上没搜到
谢谢@哲远
好的，谢谢@Elaine
/微笑
主要是不收敛，或者收敛不是自己想要的结构，不知道怎么办了。看到sob老师的博文，就试试
好的，谢谢
主要是不收敛，或者收敛不是自己想要的结构，这种情况怎么办呢@哲远
好的，我早试试，非常感谢
好的，谢谢@哲远
A:
notrust这里提了
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
确保步长上限（置信半径）不让程序自动调节。不用这个设步长上限基本没意义
----------------------------------------------------
2016.01.22 18:15:42
Q:
[图片]Sob老师，我想问一下这个用multiwfn打开的fch文件中是指B的3个S壳层吗？还是表示的是什么意思？计算中使用的是lanl2dz基组@Sobereva
A:
就是B壳层
----------------------------------------------------
2016.01.22 18:15:42
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
multiwfn手册第四章开头提了out=wfn怎么用
----------------------------------------------------
2016.01.22 18:44:01
Q:
老师，我听说有二群了？
A:
这只是粗略的计划，实际情况肯定会有所变动
[图片]
1群的人如果是以讨论或解答其它人问题为目的可以加入2群，如果是提问为主不建议加入2群，免得占名额
----------------------------------------------------
2016.01.22 18:49:33
Q:
报名越早越好，因为前期会给报名的学员e-mail和协助安装必要的软件。
一定得早，而且上次培训宾馆都定晚了，住的有点远
怎么预定？
网上预订？
A:
在格林豪泰网站上预定
----------------------------------------------------
2016.01.22 18:53:47
Q:
Gromacs对周期性结构的效果比Lammps好吗？
A:
这要看算什么体系
----------------------------------------------------
2016.01.22 19:00:43
Q:
Molpro的boss，Werner同志好像快要退休了，也不知道Molpro往哪里去
所以最后只能商业化
像castep
被买断了
每次更新点性质，忽悠你买
大把的银子进账
那些更新，其实别的软件早都有了就是麻烦点
去年JPCC，QCHEM，Molpro等一干商业软件的作者集体发了个paper，阐述为什么商业化的量子化学软件更好
像medea 那个破戒面要15万
宏剑说支持本土量化就是痴人说梦
也不能这么说。从来没有人会抱怨一台NMR几百万贵，但是一个软件几千块钱都惹人厌。你觉得Mede的界面不值15w，但是NMR也未必就值几百万
主要是穷人
所以看不惯资本家/呲牙
另外一个词更合适，仇富.
唉。。。高斯我们组也只能挂其他组。。
穷啊……
A:
刚看JPCL上有篇文章，还没来及仔细看
[图片]
就是How Open Is Commercial Scientific Software这篇
J. Phys. Chem. Lett. 2016, 7, 351−353
----------------------------------------------------
2016.01.22 19:10:44
Q:
[图片]最近跟群好累
是不是可以搞一个专用账号和程序，把1群2群的内容互相发一下？
A:
互发的话信息量过大了
Q:
哦哦还是提倡用论坛
酱啦按学历分一下可好?
只是有时候问的简单的傻问题，不好意思去发个帖/流汗
A:
量化的话可以发到简单量化问题答疑专贴
如果发现有帖子太菜，管理员也会自动将之合并到答疑专贴里
Q:
不会啦，你觉得越傻的问题，可能有越多人遇到并且想知道答案
按学历/衰小学生怎么办啊
A:
论资排辈的模式还是不好
本科生完虐博士的情况不少
Q:
深有体会，经常被虐.
我曾经被高中生虐过
九零后很可怕啊
A:
拳怕少壮
----------------------------------------------------
2016.01.23 04:57:56
Q:
sob老师：请问该博文中http://sobereva.com/209，描述了静电效应主导了氢气、氮气二聚体的构型，是在气相的体系中，如果在液相（水相）中，描述小分子之间（原子数在十个左右）的相互作用，也可以用静电效应来解释么？
A:
可以
----------------------------------------------------
2016.01.23 05:38:15
Q:
ONIOM对大体系如果用QM/QM的方法结构只会是怎么也不收敛
多谢多谢多谢Tao老师，后边那句话说地让人太绝望.
这个是事实三个势能面叠加在一起收敛难度是大还是小？
可以考虑用混合基组
中心部分用好点的外面上STO-3G
ONIOM(QM/MM)也还不错的比ONIOM(QM/QM)容易收敛
A:
凡是能用混合基组解决的都不建议用ONIOM
不同层次间的极化效应也没法很合理表现
----------------------------------------------------
2016.01.23 06:02:33
Q:
请问sob老师想让gaussian读取chk的scf初猜 guess=read是不是就行了在输出文件能看到什么痕迹吗？
需要并行吧单机估计是不行
A:
guess=read就会读取之前chk文件里收敛的波函数作为初猜
----------------------------------------------------
2016.01.23 06:03:36
Q:
Amber可以做QM\MM。
混合基组用来研究蛋白-配体这样的大体系，可行吗？
8核，可行吗？算个单点。
看大家的意见，QM\MM不是好办法。
A:
看原子数，如果截取的活性中心那块区域模型不是很大，混合基组没问题，如果需要保留的蛋白区域太大就只能QMMM了
----------------------------------------------------
2016.01.23 12:26:22
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
仔细看屏幕上的提示，都写得很清楚。输出的文件一般都会生成在当前目录下，这里说了
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
----------------------------------------------------
2016.01.23 12:45:53
Q:
请问算汞用什么基组好呢@Sobereva
A:
lanl2TZ或SDD
Q:
全电子基组可以吗
A:
可，但是耗时很高
Q:
不怕耗时就看结果哪个好
A:
那你就用SARC基组做DKH2计算
----------------------------------------------------
2016.01.23 12:51:14
Q:
还有一个问题 mcscf不收敛可能是什么原因呢？
A:
可能性多了去了
结构有问题，活性空间选取不好，基组不合适，数值巧合等等
----------------------------------------------------
2016.01.23 13:07:24
Q:
STO-3G基组是不是不能用DFT？只能用HF？
A:
可以DFT
----------------------------------------------------
2016.01.23 13:53:42
Q:
Mut算完软件自动关闭了，结果找不到了，抑郁啊
请问默认路径是什么？
A:
输出文件一般都输出在当前目录下
Multiwfn!=Mut
Q:
我把软件重新打开，然后输入0就可以打开了
但是在当前目录下确实没有看到输出文件
0 是重新打开原来的文件，我还是重新计算吧
BUG,哈哈
请问Multiwfn能否计算charge distribution?
A:
这是个很含糊的词，要明确到底以什么方式讨论电荷分布
Multiwfn很适合研究这个问题
Q:
我主要是想通过可以添加桥来证明电子云密度在整个分子平均分布
A:
算原子电荷嘛
Q:
[图片]
类似于这种的，通过添加一些桥，使得电子云密度平均分布，然后这部分的电子云相对于原来减弱
A:
什么桥？
没有这种说法
这就是变形密度图，Multiwfn立马做出来
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
这图和什么平均分布根本没关系
----------------------------------------------------
2016.01.23 14:16:17
Q:
[图片][图片][图片]老师我计算反铁磁，这是我的输入文件和输出文件，出现这样的情况该怎么做
A:
甭用片段初猜，搞得太复杂了。先尝试用guess=mix算反铁磁
----------------------------------------------------
2016.01.23 14:20:16
Q:
就是不要分片吗
A:
恩
----------------------------------------------------
2016.01.23 14:22:51
Q:
请教sob老师云里分享的gausi09-D01.zip是linux64位的吗
A:
y
----------------------------------------------------
2016.01.23 15:28:34
Q:
请问，双描述符的模块编号是？
A:
手册4.5.4节有例子
----------------------------------------------------
2016.01.23 15:49:31
Q:
请问一下就是用SDD去做Cs的NBO分析时出现这样的情况怎么办？[图片]，有某有什么办法解决？@Sobereva
A:
换基组或者用更新版本NBO
----------------------------------------------------
2016.01.23 15:54:15
Q:
请问一下：哪位申请过Sebastian Kozuch写的计算turnover frequency 的AUTOF小程序？我已经发信啦，但一直没有收到回复
A:
不要心急尔
----------------------------------------------------
2016.01.23 16:18:04
Q:
请问各位老师，def2tzvp是全电子基组吗？
A:
前四周期是，之后是赝势基组
Q:
恩恩，谢谢老师
[图片]前四周期指到4还是到5？
A:
4
----------------------------------------------------
2016.01.23 17:16:05
Q:
[图片]这个氯酚类优化后，用Multiwfn找不到它的pi分子轨道，可它明明又是一个芳环类化合物啊，和解？我用的是B3LYP/6-311G*级别优化的，求各位高手解答。。。。。./抱拳
请问你是说我么？？？@北纬18°
[图片]
[图片]
是不是要把上面的氢原子去掉。。？我先试试看吧，。。。
A:
检查坐标，看这个分子是否所有原子都严格在一个平面上。
如果并不都严格在一个平面，自行选择是在哪个平面上
----------------------------------------------------
2016.01.23 17:16:22
Q:
def2qzvp到第几行是全电子基组呢？
一会儿我传一下
A:
1~4
----------------------------------------------------
2016.01.23 17:30:27
Q:
[图片]请问老师，什么时候要考虑色散作用，我要对Mgcl2进行几何优化，需要色散吗，以上输入文件对吗
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
----------------------------------------------------
2016.01.23 17:31:43
Q:
请问老师，def2-tzvp和def2-qzvp都是前四周期的全电子，那么这两个的主要区别是？
一个是3裂分，一个是4裂分
类似6-31和6-311
这个分裂说的是分裂什么呢？
A:
看群共享基组入门资料小合集
学学基础知识
Q:
月月舒冲剂
[图片][图片]对于该咪唑盐进行几何优化，请老师帮忙瞧瞧方法基组可行吗[图片]，需要弥散吗
A:
+写G前头
这种体系没必要弥散
Q:
阳离子，需要加弥散吗，我借用了文献的基组、方法，老师
有必要怎么大吗？基组
我说基组啊弥散不用
A:
不要加弥散
Q:
当时培训，sob老师强调加弥散需要慎重啊
A:
加弥散计算量暴增，对此体系opt freq任务毫无意义
不该加时候一律不要加
----------------------------------------------------
2016.01.23 20:50:22
Q:
之前有人利用大家在主群的信息，私自向大家有想发送各种会议以及培训的广告邮件，希望大家能积极举报，杜绝此类事件的发生，非常感谢{我本人就收到好几次这样的广告邮件，真心烦/偷笑}
[表情]竟然还有这样的
A:
之前踢过一个这样的人
----------------------------------------------------
2016.01.23 20:57:39
Q:
我按
Ethanol.wfn
5
0
1
-, Ethanol.wfn
1
2
-1
操作，试图得出福井函数f-
图形显示后，看不出哪里有变化呀？
[图片]
adjusting the isovalue to a proper value (0.007)
这个也设置了
A:
你的操作不对，这相当于乙烷密度减乙烷密度，显然处处为零
乙醇
Q:
-, Ethanol.wfn
应该怎么操作呢？
A:
你得减去阳离子状态
两个态必须不同
----------------------------------------------------
2016.01.23 21:11:38
Q:
用变形密度时，把分子的密度减去Muiwfn3.3.8自带的原子密度时，什么情况下最好自己准备原子密度的wfn文件。
A:
要求结果准确时
Q:
哦哦，如果只是想说明两个原子之间成键后电子不会在原子间聚集，也就是这种键不是共价性质的，就不需要自备原子密度文件吧？
[图片]
这里指的是卤键是色散力主导的吗？
[图片]
还有这里
A:
定性考察一下用自带的原子波函数文件就够了
----------------------------------------------------
2016.01.24 08:37:56
Q:
搞奔溃了，算了一晚上，早上又是没有输出文件。。。。
[图片]
output了两个文件 BADDD 和 suryanalysis.pdb后软件自动关闭了
不知道有没有重新导入的方法？
A:
先说清楚算的是什么任务，怎么操作的
没法重新导入
先把小体系计算弄明白了再算耗时的大体系
----------------------------------------------------
2016.01.24 09:03:18
Q:
老师我算的体系是Au4+催化 H2和CO 原文用LAN2DZ 和6-311++(d,p) 我想换个基组 def2-tzvp怎么样
A:
可以，但耗时高很多
这种体系Lanl2TZ+TZVP就够了
----------------------------------------------------
2016.01.24 09:19:07
Q:
老师，结构优化设定优化步长的关键词是什么啊？
A:
没法设步长，只能设步长上限
都写着呢
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
----------------------------------------------------
2016.01.24 09:47:07
Q:
老师，如何选择计算的方法和基组？例如计算只含有C,H,O,N分子的反应过程。分子中有大概七八十个原子，用四个核的计算机算题。谢谢老师！@Sobereva
A:
B3LYP/6-31G*
Q:
为什么不用MP2计算？什么情况用MP2算更好？
A:
你这机子算得动就怪了
结果还不比B3LYP好
这年头没人用MP2，算得动MP2就用双杂化
Q:
好的，谢谢老师！
老师，您有没有关于方法选择的文章？我想看看。谢谢老师！
A:
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
----------------------------------------------------
2016.01.24 10:05:15
Q:
[图片][图片]alpa-，beta-轨道哪个HOMO-LUMO能量差为准啊，老师？
A:
什么意思？
开壳层体系alpha和beta有各自的gap
----------------------------------------------------
2016.01.24 10:11:57
Q:
请问，gaussian里面有双杂化的方法么
A:
有
诸如B2PLYP
----------------------------------------------------
2016.01.24 10:12:09
Q:
老师，想比较两种物质的gap值大小，以alpha的gap比较，还是以beta的gap比较啊
A:
都比较
----------------------------------------------------
2016.01.24 10:13:01
Q:
Sob老师，我想问一下高斯里面field=x+10是描述x 方向电偶极场的。可是电场强度却是一个定值。而且计算的单点能跟体系的绝对坐标无关。可是电偶极场的电场强度在空间是变化的啊？这种情况我该怎么理解电场的空间分布呢？有没有比较好的解决方案呢？
A:
高斯里所谓偶极场就是均匀电场
没有什么需要解决的
电场加的方向是固定的，单点能显然和绝对坐标有关
别忘了nosymm关键词
----------------------------------------------------
2016.01.24 10:37:36
Q:
sob老师，我用高斯计算一个结合能的问题的时候，A+B----C的问题，A是-7价的大的聚阴离子，B是+2价Pd离子，C是-5价聚阴离子，用同一方法和基组算出内能E让后加上零点矫正能，得到的结合能有30ev左右,结果太离谱，我之前听我师兄说个什么能量分解的问题，说什么这种体系有什么结合能和静电能量要区分开来，但是我没听懂他是个什么意思？
A:
能量分解看此文第10节
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
----------------------------------------------------
2016.01.24 11:03:53
Q:
老师，为什么计算超极化率密度时，从坐标轴正方向加电场，和从坐标轴负方向加电场产生的结果有很大差别
A:
体系又不是对称的，当然有差别
----------------------------------------------------
2016.01.24 11:30:29
Q:
老师，在氯化富勒烯时，大概有200个原子，采用B3LYP/6-31+g(d)基组时，优化出错，出现L502错误，这个应该是体系太大出错，那这个体系怎么解决呢
A:
不加弥散
Q:
需要加弥散算垂直电子亲和能呢
A:
你这是优化啊
Q:
不加弥散可以优出来
A:
算亲和能时候再加上
Q:
优化和算单点能的基组可以不一样是吗
A:
y
----------------------------------------------------

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