请问在不同型号的GPU上跑出的轨迹差别大吗

NicoleDH

请问各位老师，

1. 在不同型号的GPU上模拟出的轨迹差别大吗？

2. 在同一台机器上，用cpu跑，每次跑出来的轨迹也不一样。请问有没有什么参数，限制这种随机性呢？

sobereva

仔细看
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88

纯用CPU跑结果都不可能精确重复（除非mdrun的时候加上-reprod），更不可能指望不同GPU跑出来的精确相同。差异大不大看你怎么跑、跑什么问题，诸如模拟小分子液体密度（时间平均得到），只要跑的时间足够长，不管什么硬件环境下跑，结果都不会有什么明显差异。