分子动力学模拟后水盒子挺奇怪

哈哈 · 发表于 Post on 2021-11-26 15:44:43

老师请问我用tinker跑动力学有pbc nvt 最开始是第一张图才60ps左右第二张图中间是几个残基封端了和一个血红素cofactor ,想和QM做对比，想问这个可能是什么原因？
这个就是散了吗，是由于那些残基疏水所以跑开了？

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-27 12:38:04

把盒子边框显示出来，弄清楚到底是有真空区，还是水越过盒子边界的正常情况（搞明白PBC的原理）

哈哈 · 发表于 Post on 2021-11-27 15:51:47

本帖最后由哈哈于 2021-11-27 16:30 编辑

由于tinker archive 得到的坐标文件里没有盒子信息，所以我在命令行输入的。第3张是初始的，第4张是跑72ps的。

Kangtor · 发表于 Post on 2021-11-29 10:16:23

哈哈发表于 2021-11-27 15:51
由于tinker archive 得到的坐标文件里没有盒子信息，所以我在命令行输入的。第3张是初始的，第4张是跑72ps ...

是没有平衡同时跑的NVT吗？

哈哈 · 发表于 Post on 2021-11-29 11:19:29

谢谢回复，想到可能是这种原因，nvt跑了固定溶质只跑水以及没有溶质跑水的动力学，从结果来看都会跑出去一部分水。
我以为pbc是一个水分子从该区域跑出去，另外一个水会从镜像跑进这个区域，从而守恒。看以上的结果不知道是哪的问题，（水盒子是用packmol构建的）。

Kangtor · 发表于 Post on 2021-11-29 13:42:13

哈哈发表于 2021-11-29 11:19
谢谢回复，想到可能是这种原因，nvt跑了固定溶质只跑水以及没有溶质跑水的动力学，从结果来看都会跑出去一 ...

我咋感觉是你packmol搭建后直接跑了NVT导致的？

哈哈 · 发表于 Post on 2021-11-29 14:50:18

Kangtor 发表于 2021-11-29 13:42
我咋感觉是你packmol搭建后直接跑了NVT导致的？

你好我构建水盒子后经过minimize水盒子（图1说是组内优化基本如此，暂继续往下做），然后溶质soak进水盒子中。然后minimize，然后跑nvt.是因为我最开始水盒子就没minimize成功导致？

Kangtor · 发表于 Post on 2021-11-29 15:18:31

哈哈发表于 2021-11-29 14:50
你好我构建水盒子后经过minimize水盒子（图1说是组内优化基本如此，暂继续往下做），然后溶质soak进水盒 ...

我估计你研究的是平衡态的分子动力学模拟。首先，你需要一个平衡后的结构来进行科学问题的研究。仅是能量最小化并不足以让你获得平衡态的结构。你应该进行一系列的平衡过程来获得。平衡过程中的实际流程需要你调研一下文献来选择适合你问题的方法。

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