【作业贴】南叔装机小记：双路2686v4配老版本g09测试

tomwong4253

第一篇传送门
没错阿南叔又来啦！
距离上次作业贴已经过去两年多了，最近终于又从两个部门分别hao到了点预算，欢欢喜喜地置办了几台新机器。由于这几台用途不同，有做QM的有做MD的，这次准备分两个帖子写。希望对新手有一些帮助，对大佬们就看个热闹。（咱写帖子语言没那么严肃，社长大人不要介意哈~~~）

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1. 硬件选择和购买
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首先还是确认预算：根据学校相关流程规定，尽量不超过20000，否则审批流程会变得漫长而且复杂。然后确认一下需求：这台机器主要跑QM，没有跑MD的需求，最主要是给做药物化学反应的一众弟兄们算个反应路径反应位点啥的，分子也不太大。将来最多再跑点简单的虚拟筛选。那么2W以内应该绰绰有余，不过得同时挤出来一台一般的电脑做办公机用，一方面要用到阿逗比的软件整理图片，另一方面也省得同一台电脑嗡嗡地跑Gaussian的同时还得冒着死鸡的风险去操作。参考自己以前的经验，社长的帖子，预算等等。最终我敲定了以下配置单：


计算端：
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【CPU】Intel Xeon E5 2686 v4 正式版，两颗。
【散热】至强专用6热管，两个。
【主板】超微X10DRL-i。
【内存】三星 DDR4 2133MHz 8G RECC内存，八条。
【固态】雷克沙256G SATA SSD
【机械】希捷4T 企业级硬盘
【机箱】塔式机箱
【电源】长城巨龙800W
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【含税小计】15190元

办公端：
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【CPU】AMD 5600G
【散热】鑫谷6热管
【主板】华硕B550M
【内存】海盗船3200 8G 两条
【固态】雷克沙 256G M.2 NVME
【机箱】中塔机箱
【电源】长城500W
【显示器】HKC 27寸 1080p
【键鼠】罗技套装
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【含税小计】4760元

【两台含税总价】：19950元
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关于选用以上配置的一点说明：

1. 两年多过去了，2686v4和2696v3这种CPU已经比较白菜价了，预算愁死人的情况下仍然是优先选择。各位追求性能的亲们可以考虑其他帖子里更高端的CPU。

2. 很多绘图软件和出图的工具（比如阿逗比的PS Ai等）都需要一定性能的显卡来支持。但众所周知显卡在很长一段时间内是由空气或者黄金制造的，在办公端这种不是刚需Linux系统的应用场景里，我直接配的5600G，核显带Radeon显卡，比牙膏厂U带的核显强不少。


3. 社长曾经曰过，电源要遵循一个“留足余量”的原则。但是留多少可能个别新手不知道。我这里考虑的是，对于没有GPU且未来没有升级计划的配置，按照CPU的TDP之和留个20~30%足够了，比如上面两块2686v4 TDP加起来将近300W，一般来说配个550W的电源足够了。不过我这里选择的800W主要考虑将来可能会往里塞显卡的问题，还有就是要考虑存在机械硬盘时，机械硬盘启动的瞬间电流可能会飞起，所以电源配足一点也是有备无患。


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2. 硬件安装
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这次不是上一贴那个部门，在楼里转了一圈，最终选择跟液质连用放同一个屋子，主要是防潮+蹭空调+蹭UPS（然而被管理员姐姐一阵唠叨，最终还是单独购了一个小的UPS）。当然各种软硬件安装还是在我的临时办公室里完成的。这次刚好供货商的人在，请他们帮忙理了下线然后绑好了一下，果然比我自己弄得好多了。下面展示的都是计算端的机箱，办公端的太平常了就不展示了。


仍然是一阵拆拆拆and装装装。。。

不知道是不是侧透机箱太流行了，现在但凡好点的机箱都是侧透的。在办公场所很大概率会被领导念叨。关键现在侧板还全是钢化玻璃，不怕一万就怕万一，哪天炸一下就画面太美了，所以我暂时是不打算去掉那层贴膜了。好在这个机器是扔在没人去的屋里的，也就无所谓了。不过这个机箱有一个好，就是侧面板是铰链+磁吸的，像玻璃柜子一样随时可以打开。对于经常需要维护硬件的亲们是个加分项。图里的键鼠是我办公用的，拆过来临时用一下。显示器是很早买的带VGA口的，毕竟X10DRL-i是板带VGA显卡的。建议各位玩硬件的亲们，实验室里常备一个带VGA和HDMI的显示器，维护硬件会省心不少。

超微的板子一直是这种交错布局，CPU2好歹能吸到两口新鲜空气，不像上一贴里阿苏斯的那个服务器板子只能吸CPU1的废气。另外这种交错布局还能最大限度防止散热器挡住了未来可能增加的显卡。图片底部左侧是某宝买的PCI-E无线网卡，因为学校目前网络全改成了无线，几乎没有有线连接了，花了几十块买了个“硬”的PCI-E无线网卡，好处一个是Linux免驱，另一个是防止USB无线网卡那种还要频繁改动电源选项防止休眠的问题。

这里是CPU2的后面，超微在这里设置了两个风扇4pin口，也是方便后置和顶置的风扇用的，建议各位起码把后置风扇搞上一个，不然积热严重了可能会有事故。

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3. 计算软件简单测试
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这次没测硬件，直接装的Linux。我刚开始装的是Ubuntu20.04。

想着是最新的系统吧，结果启！动！直！接！黑！屏！，只能三键大法之后用文字端。估计是新系统里内置的驱动不兼容X10板载的老显卡，导致渲染不出来图形界面。一气之下怒换Ubuntu18.04，终于正常进图形界面了，然而登录界面仍然有鼠标卡顿的现象，估计是逼着我要换16.04或者Centos了。算了不折腾了，凑合用吧。

  

磁盘我是自己分的区，基本原则仍然是把除了home之外的分区全部挂载在固态上。分区这次有了点经验，不再是XJB分了：
4T机械硬盘/home占了全部空间。256G固态硬盘里/boot给了2G，swap area给了16G，剩下的全部分给/。不用担心什么/var /usr之类的，linux会自动配置好。另外注意最好选Normal Installation，装好之后把用不着的软件统一卸载掉。省得用Minimal Installation之后还得满世界找包安装依赖。。。

这里说一下swap的事情，很多网上帖子说一定要分到物理内存的两倍。那是严重的老黄历了，毕竟现在以服务器设备为基础的计算设备动不动都64G往上的内存，个别胖节点甚至上T的内存，难道还得占个固态硬盘专门做虚拟内存？实际上根据Redhat的手册，物理内存够大的情况下，swap弄个16G左右就顶天了。装好linux之后记得把swappiness参数改成10，这个数值默认有60，运行高内存任务时计算机可能会傻X一般地先用虚拟内存而不是物理内存。

装好开测。学校里有Gaussian09，不过貌似是2009年买的最老的A版本。测试仍然用test397。全36核心一起上，默认关键词，最终时间131s~~~

我陷入了沉思，要知道上一贴里那台用的是hao别人的Gaussian09E，90s就完成了。可能是指令集太老。哎，估计后面得龟速做计算了~~~毕竟升级小版本也是要银子的。。。

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4. 总结
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好像没啥好总结的，就这样吧~~~

ggdh

如果不要办公电脑不知道要多少钱。。。因为现在很多都有笔记本电脑了。另外 根据我之前的测试，用g16 + g09default 应该会更快。。

tomwong4253

ggdh 发表于 2021-11-28 10:45
如果不要办公电脑不知道要多少钱。。。因为现在很多都有笔记本电脑了。另外 根据我之前的测试，用g16 + g09 ...

两台各自的价钱我补上啦，请参考。另外我这儿没有买g16~~~尴尬

Entropy.S.I

启动黑屏应该不是图形驱动的锅，我这也有好多AST 2500芯片的机子，都是Ubuntu 20.04.3LTS，这个问题从来没遇到过。。

ggdh

tomwong4253 发表于 2021-11-28 10:56
两台各自的价钱我补上啦，请参考。另外我这儿没有买g16~~~尴尬

没有买也可以试用嘛

Entropy.S.I

ggdh 发表于 2021-11-28 11:28
没有买也可以试用嘛

哈哈，我也在“试用”，学校已经招标完了西点灵妖，很快就有正式的了

abin

g09测试，采用12个核心，可能更快呢……

abin

g09测试采用12核心，可能会比较快。