同一条件产生了不同溶剂数量

vandenberg · 发表于 Post on 2021-12-15 21:46:34

最初的蛋白溶剂化只有4万多个溶剂原子，

蛋白单点突变后，同样的条件构建溶剂盒子，发现体积增大了很多，
一下子到了23万多个溶剂原子，奇怪的是盒子构建的-d条件（下面这条命令中）也不起作用，
gmx editconf -f complex.gro -o newbox.gro -c -bt cubic -d 1.0
-d调到0.001溶剂盒子还是明显比之前大好几倍
这么多原子实在是影响速度，
更重要的是会不会影响后续的分析，比如配体和蛋白结合自由能的差异？
谢谢老师

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-12-16 06:06:26

你先看看原来的gro文件里边边角角的地方有没有没删干净的水或者啥的，导致加盒子的时候在原来的基础上再加了1nm

vandenberg · 发表于 Post on 2021-12-16 08:21:10

喵星大佬发表于 2021-12-16 06:06
你先看看原来的gro文件里边边角角的地方有没有没删干净的水或者啥的，导致加盒子的时候在原来的基础上再加 ...

果然是大佬

厉害

vandenberg · 发表于 Post on 2021-12-16 10:27:22

确实是多了一个莫名其妙的原子，看样子是网站建top文件的时候小分子出了点问题，
但是奇怪的是也没有报错。删掉这个原子配体就断裂了，我贴上pdb文件，哪位大侠可以给我修复一下这个问题？
非常感谢

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-16 15:34:18

vandenberg 发表于 2021-12-16 10:27
确实是多了一个莫名其妙的原子，看样子是网站建top文件的时候小分子出了点问题，
但是奇怪的是也没有报错 ...

把那个原子按照盒子矢量平移到体系中
是怎么回事VMD里作个图一看就明白

vandenberg · 发表于 Post on 2021-12-16 15:40:24

谢谢老师

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[GROMACS] 同一条件产生了不同溶剂数量