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[综合交流] 关于KiSTheIP中求反应速率常数时反应路径简并度σ的计算问题

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楼主
最近在学习使用KiSTheIP计算反应的反应速率常数以及拟合的阿仑尼乌斯公式,在拜读了sob老师的帖子使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数(http://sobereva.com/246)之后,对于计算反应路径简并度σ有一定的疑惑。
在帖子中,sob老师写的是
“σ=σ(R)*n(R)/ [σ(TS)*n(TS)]
这里σ(R)和σ(TS)指的是反应物和过渡态结构的转动对称数,n(R)和n(TS)指的是反应物和过渡态结构的手性异构体数目”
而在 Theor Chem Account (2007) 118:813–826 原文page818中,提到由于过渡态的结构具有手性


而两个过渡态到产物的速率常数相等,所以kf=2ke1

而当反应物有手性时,其中只有j2构象能够生成产物时


由于反应物的手性,在分母中乘以了2
所以
这个地方σ的计算并不应该是简单的为σ=σ(R)*n(R)/ [σ(TS)*n(TS)]”


不知各位老师怎么认为?


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发表于 Post on 2021-12-27 20:42:28 | 只看该作者 Only view this author
式子是σ=σ(R)*n(TS)/ [σ(TS)*n(R)],那篇老博文里有笔误
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-27 21:26:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-27 20:42
式子是σ=σ(R)*n(TS)/ [σ(TS)*n(R)],那篇老博文里有笔误

好的,谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2023-3-3 18:56:37 | 只看该作者 Only view this author
这边文章不好找呀(Theor Chem Account (2007) 118:813–826),可能我找文献的能力太差了,能发链接给我吗

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发表于 Post on 2023-3-4 05:05:10 | 只看该作者 Only view this author
chenlei 发表于 2023-3-3 11:56
这边文章不好找呀(Theor Chem Account (2007) 118:813–826),可能我找文献的能力太差了,能发链接给我吗 ...

能上谷歌的话,把文献引用信息粘贴到谷歌学术的搜索框里,一搜即可
不能上谷歌的话,用百度搜x-mol的主页,把文献引用信息粘到x-mol的搜索框里。但成功率比谷歌学术低
如果还不行,用web of science搜,用法自己百度
如果你们学校没买web of science,用百度搜Theor Chem Account的主页,在页面里找高级搜索的选项,把后面的年份、期号、页码复制进去搜
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-9 14:39:35 | 只看该作者 Only view this author
chenlei 发表于 2023-3-3 18:56
这边文章不好找呀(Theor Chem Account (2007) 118:813–826),可能我找文献的能力太差了,能发链接给我吗 ...

https://doi.org/10.1007/s00214-007-0328-0
用x-mol一搜就能搜到

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