同源模建真的过时了吗？

沐雨书生 · 发表于 Post on 2022-1-7 09:14:25

在此之前同源模建作为主流的蛋白结构预测软件，受到很多人的追捧，风光一时，然而在AlphaFold2出现之后，大家便开始追捧AlphaFold2，当下再提同源模建，很多人都感觉已经过时了，甚至投来鄙视的目光，难道同源模建真的没有存在的意义了吗？

panernie · 发表于 Post on 2022-1-7 11:45:47

此话差异，单纯从建模的广义角度而言，如同“有的人经费充足直接上超算，有的人经费一般直接上小型服务器，有的人经费见底直接用自己笔记本“。从狭义角度来看，同源建模程序并非简简单单的构建出模型，诸如modeller程序有很多自定义、限制性和基于SAXS等试验数据的建模是af2、rosettafold等端端建模程序所不具备的优势，这些在辅助科研工作中仍占据重要席位。CASP竞赛中仍然设有同源建模竞赛，所以至于“过时”、“投来鄙视的目光”及“没有存在的意义”等结论不过是闲的无事瞎想罢了。

sylar · 发表于 Post on 2022-1-7 12:51:34

alphafold本质感觉还是个同源建模，没有模板的区域建不出来

沐雨书生 · 发表于 Post on 2022-1-8 09:24:10

本帖最后由沐雨书生于 2022-1-8 09:28 编辑

panernie 发表于 2022-1-7 11:45
此话差异，单纯从建模的广义角度而言，如同“有的人经费充足直接上超算，有的人经费一般直接上小型服务器， ...

说的很好，我这投文章，是之前用同源建模得到的结构，审稿专家直接说同源建模不可靠，没有足够的证据说明模型和真实结构一样，问我为什么不用最新的AF2，这个准确性接近真实水平。我感觉很多人都认为有了新技术就要抛弃旧技术，潜台词就是再用就技术就是没有跟上时代脚步，没有把握住科技前沿。提的问题让我感觉很外行，但是我不得不回复，我现在需要一个过硬的解释来回复他

lonemen · 发表于 Post on 2022-1-8 10:29:47

沐雨书生发表于 2022-1-8 09:24
说的很好，我这投文章，是之前用同源建模得到的结构，审稿专家直接说同源建模不可靠，没有足够的证据说明 ...

能否请教一下您，同源建模的文章投稿到哪个杂志吗？

panernie · 发表于 Post on 2022-1-10 10:30:38

沐雨书生发表于 2022-1-8 09:24
说的很好，我这投文章，是之前用同源建模得到的结构，审稿专家直接说同源建模不可靠，没有足够的证据说明 ...

通常同源建模都要评估，同源家族MSA比较，目标模板序列对比，核心结构区域，3D模型评估和比较。即便是AF2建的模型，也需要评估该模型是否符合目标结构，这些都需要查阅相关文献去佐证。审稿人的意思，我认为应该是说未经文献比较的或未经讨论的模型不能够直接使用。

沐雨书生 · 发表于 Post on 2022-1-23 08:47:03

lonemen 发表于 2022-1-8 10:29
能否请教一下您，同源建模的文章投稿到哪个杂志吗？

只是辅助验证用于分子对接，不是纯粹的建模

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[蛋白质建模] 同源模建真的过时了吗？

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