求助：AMBER的mmgbsa出错

Freshfish

各位老师，
我计算蛋白-蛋白结合自由能，在最后mmgbsa的运行过程中提示如下错误：
”PrmtopError: Couldn't predict mask from topology files!
Your ligand residues must be sequential in your complex.

Fatal Error!
All files have been retained for your error investigation:
You should begin by examining the output files of the first failed calculation.“

根据提示，应该是拓扑文件出了错误，也就说com.prmtop残基序号有问题。
（1）我把com.prmtop和com_solvated.prmtop转换为pdb文件，用pymol检查之后，没看出来com、receptor和lig残基序号有什么问题（或者我检查方式有误？？）；
（2）前面的md过程可以正常运行，我在vmd里查看了mdcrd文件的轨迹，没发现异常；
（3）谷歌的时候，有人提示说HIS和HIE，GLN和GLP之类的不是一种氨基酸，可能出问题，我看了一下，tleap处理完了之后com和receptor、ligand一致；
（4）我同时处理ligandA和不同receptor B\C\D\E\F\G,用了一样的步骤和代码，只有这一个报错了。我对比了tleap的leap.log文件，没发现什么明显的不一样的地方（或者是我疏忽了？）
（5）我疑心是pdb文件有问题，利用相同序列在swissmodel上以其他同源蛋白为模板重新构建了pdb文件，问题依然存在。

现在我个人分析问题出在序列上，应该是这个蛋白的特定氨基酸导致了问题的出现，但是我的能力也仅仅能分析到这里。

请教各位老师是否遇到过类似问题，我该从哪儿下手解决呢？

Kamala

tleap那个环节没报错吗

Freshfish

Kamala 发表于 2022-1-10 09:53
tleap那个环节没报错吗

没有报错，我对比了出问题蛋白的leap.log和正常蛋白的leap.log文件，也就蛋白名称和残基名称不同，除了“Warning: The unperturbed charge of the unit (-20.000000) is not zero.”之外，没有error和warning提示~

Kamala

MMGBSA.IN 输入文件里面 指定氨基酸的数目看看有没改过来，receptor_mas=":1-243",ligand_mask=":244",strip_mask=":WAT,Na+,Cl-,EOH",比如

Freshfish

Kamala 发表于 2022-1-10 14:50
MMGBSA.IN 输入文件里面 指定氨基酸的数目看看有没改过来，receptor_mas=":1-243",ligand_mask=":244",stri ...

唉，头疼的是，因为我的Receptor和ligand我查不出问题在哪儿，所以我设置：
receptor_mask=":1-200",
ligand_mask=":200-500"
这个时候，它提示我设置的mask与系统检测到的不相符；如果我换成一个错的比如1-199,200-500的话，他又提示我说receptor和ligand的原子数残基数不同

Kamala

那感觉你应该确定一下配体分子到底对应多少编号
你写的这个应该这样才对：
receptor_mask=":1-200",
ligand_mask=":201-500"

Freshfish

Kamala 发表于 2022-1-10 18:38
那感觉你应该确定一下配体分子到底对应多少编号
你写的这个应该这样才对：
receptor_mask=":1-200",

哦哦，对不起哈，我那个是打错了，我的确是写的201。它提示说我的mask与检测的不相符。

tomwong4253

用MMPBSA做自由能计算的时候建议采用如下方式，可以有效杜绝大多数错误：
1）准备好相应的无水无离子的prmtop和nc轨迹，准备好最后一帧nc文件和对应的prmtop
2）使用ambpdb将最后一帧nc借助prmtop转为pdb，然后用文本编辑器或者VMD，pymol等软件打开，仔细确认receptor和ligand的分界点。
（在我看来大多数错误都是错误的理解了配体和受体具体在哪一号氨基酸断开导致的，比如你以为是201，实际是202等等）
3）确认好以后用cpptraj的parmwrite工具，直接“切”出配体，受体的prmtop，同时用trajout直接“切”出配体和受体的nc轨迹。
4）执行MMPBSA.py -O -i in文件 -o log文件 -cp 复合物prmtop -rp 受体prmtop -lp 配体prmtop -y 复合物nc -yr 受体nc -yl 配体 nc。

Freshfish

tomwong4253 发表于 2022-1-18 11:08
用MMPBSA做自由能计算的时候建议采用如下方式，可以有效杜绝大多数错误：
1）准备好相应的无水无离子的prm ...

多谢老师的详细解答，我去试一下~~