在linux超算上运行./isostat报错forrtl: severe (24): end-of-file during read

QuantumMachine

咨询下各位大佬，想对trajectory.xyz做聚类分析，但是报错如下，是为什么呢？用的2帧或者多帧的trajectory.xyz都会报同样的错误。
直接生成的trajectory.xyz文件里没有energy信息，我怀疑是这个原因，所以自己往里面加了energy信息，但是还是会报这个错误。

Isostat: A statistical analysis tool for a batch of isomers (64 bit)
Released as a component of Molclus, last update of isostat: 2021-Apr-15
Developed by Tian Lu, contact: sobereva@sina.com
Beijing Kein Research Center for Natural Sciences (http://www.keinsci.com)

Number of CPU cores to be used:   28

Input the path of input file, e.g. C:\sob\lovelive\nico.xyz
If press ENTER button directly, isomers.xyz in current folder will be loaded
   To change number of cores used in calculation, input value now, e.g. 18
/work/gp23/p23002/md_gromacs/apd/gas/trj_after_1000k_sep/trj0/trj.xyz

Input the energy threshold for distinguishing different clusters
e.g. 0.5  (in kcal/mol)
If press ENTER button directly, 0.25 kcal/mol will be used


Input the geometry threshold for distinguishing different clusters
e.g. 0.25  (in Angstrom)
If press ENTER button directly, 0.1 Angstrom will be used


Analyzing...

There are    31 atoms
There are     2 isomers

forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit -5, file Internal List-Directed Read
Image              PC                Routine            Line        Source            
isostat            000000000041E0EB  Unknown               Unknown  Unknown
isostat            0000000000443CBE  Unknown               Unknown  Unknown
isostat            0000000000414F2F  Unknown               Unknown  Unknown
isostat            0000000000412D22  Unknown               Unknown  Unknown
libc-2.17.so       00002AF36E3B2555  __libc_start_main     Unknown  Unknown
isostat            0000000000412C29  Unknown               Unknown  Unknown

snljty

你的注释行能量格式不对，之前问过卢老师，用的是两个没有空格的字符串后面跟着表示能量的浮点数。你把能量前面随便加两个没有空格的字符串，用空格分割开就行了。比如把-1234.5678换成a b -1234.5678。具体看http://bbs.keinsci.com/thread-20343-1-1.html的8L。

QuantumMachine

snljty 发表于 2022-1-11 16:57
你的注释行能量格式不对，之前问过卢老师，用的是两个没有空格的字符串后面跟着表示能量的浮点数。你把能量 ...

感谢，确实work了！还有个问题，我是先用trjconv提取出trajectory.pdb，然后用obabel转成的xyz，此时能量那行是trj.pdb，然后再用gmx energy获得每一帧的potential，然后自己写脚本把.xyz里的trj.pdb这行取代为能量，想问下有没有更智能的方式吗？

snljty

QuantumMachine 发表于 2022-1-11 17:48
感谢，确实work了！还有个问题，我是先用trjconv提取出trajectory.pdb，然后用obabel转成的xyz，此时能量 ...

感觉已经挺方便了