mm-pbsa计算的自由能数值大小问题

vandenberg

两个蛋白-配体系统分别计算完之后，一个自由能是-1.1kJ/mol，另一个是-7.1kJ/mol，这些数值正常吗？
我看别人算的都至少是几十kJ/mol
谢谢

wzkchem5

那是因为只有几十kJ/mol的体系才能在实验上看到binding，如果你看的文章都是先做的实验再做计算验证的，那自然都是几十kJ/mol。如果是实验上尚未验证是否能结合的体系，算出来多小都有可能。
这个让我想到一个笑话，有人查到某几个反应的活化Gibbs自由能都在20~25kcal/mol之间，进而推测它们的机理相似，乃至于解释说因为机理相似，过渡态相似，所以活化Gibbs自由能才相似。但事实上是如果活化Gibbs自由能不在这个区间里的话，实验上不好测，如果小于20kcal/mol就太快了，如果大于25kcal/mol就太慢了，所以但凡是实验上测的活化Gibbs自由能，大部分都离20~25kcal/mol这个范围不远。
你这个问题也是一个道理，只有实验上能看到结合的体系才能发好文章，文章发得越好越容易被你看到，结果导致你看到的数值都是对应于那些实验上能看到结合的体系，没准那些人也筛了其他的一些分子，算出了和你一样的个位数的结合自由能，只不过因为对文章主旨没有贡献，没报这些数据而已。

sobereva

先从常识上判断受体-配体结合程度
此文提了
谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632（http://bbs.keinsci.com/thread-27434-1-1.html）

如果觉得这结果就是不对劲，结合自由能数量级太小，可以改用TI之类更严格的方法算

vandenberg

谢谢各位老师