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[VMD] 用于分析氢键的Tcl脚本问题

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各位老师,想要考察两种分子间的氢键和氢键寿命,比如图1中三个区域的不同分子间氢键个数和氢键寿命,根据sob老师的博文http://sobereva.com/54分享的Tcl脚本可以计算水相中水形成的氢键数,我尝试模仿编写了一个计算不同分子间形成的氢键数的脚本(图2),用于分析:混合相中两种分子间的氢键数、界面处混合相中两种分子间的氢键数、界面处混合相中两种分子与水分子间的氢键数,不知道是否合理?麻烦各位老师指正。还有就是要分析氢键寿命的Tcl脚本命令该如何编写呢,Tcl刚刚开始入门,请各位老师指教,谢谢。


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2#
发表于 Post on 2022-2-15 07:19:16 | 只看该作者 Only view this author
去看涉及氢键寿命、氢键动力学相关的文章,按里面公式写,诸如
J. Chem. PHys., 113, 10663
Acta Phys. -Chim. Sin., 27, 2547
J. Phys. Chem. B, 110, 4393
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-15 09:06:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-15 07:19
去看涉及氢键寿命、氢键动力学相关的文章,按里面公式写,诸如
J. Chem. PHys., 113, 10663
Acta Phys. - ...

好的,谢谢sob老师

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