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[GROMACS] 置于center的溶质分子在模拟过程中大幅移动的问题

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楼主
使用周期性边界条件,建立box后,将溶质分子开始时置于center,在一段时间的模拟后,发现模拟过程中,分子在大幅度的移动,甚至多次移动出了box,
但是检查energy等选项的时候体系是稳定的。
请问这种现象是正确的吗?
或者说,模拟的时候要固定住在溶液中的溶质分子一定要位于中心吗?

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发表于 Post on 2022-2-23 18:08:33 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“pbc下模拟”改了,以后务必注意,下次将删帖+扣分处理
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2022-2-23 18:16:42 | 只看该作者 Only view this author
极为正常。搞懂什么叫PBC
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-23 20:34:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-23 18:08
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的

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