求助：gmx_mmpbsa计算多肽-蛋白相互作用结果波动太大

Tang_jh · 发表于 Post on 2022-2-23 15:51:26

在使用gmx_mmpbsa脚本计算蛋白-多肽结合自由能时，重复了两次模拟，分别计算了自由能，两次计算的结果天差地别，所以想求助一下一方通行们，我的计算路径是否靠谱，中间是不是哪里有问题。
使用的蛋白质是ACE2（6lzg的A链），多肽是alphafold2预测的，15个氨基酸，然后在网站HPEPDOCK对接形成的复合结构用GROMACS/2020.4模拟，最后用gmx*计算自由能。
两次的RMSD如下图
第一次模拟的时间为5ns，取的最后1ns的数据计算自由能，dt=200。
第二次模拟的时间是3ns，取的最后1ns的数据计算，dt=200。
查看轨迹都是正常的多肽嵌入ACE2空腔内结合很紧密。
最后的结果如下图

主要的问题是同一个多肽两次模拟的结果差距很大，而且还很多结果两次正负都不同。
求助：
1.这样计算多肽和蛋白结合自由能可行吗
2.两次计算差别过大的原因是什么

panernie · 发表于 Post on 2022-2-23 22:43:35

5ns很大可能体系还未达到平衡，倘若如此，后续分析均没有意义。建议延长至50ns或者100ns

stomachacheee · 发表于 Post on 2022-4-18 16:03:49

我也用的这个脚本，输出文件里的dG是啥项呀...我这一项好像多数时候是正的

Tang_jh · 发表于 Post on 2024-4-11 20:35:23

stomachacheee 发表于 2022-4-18 16:03
我也用的这个脚本，输出文件里的dG是啥项呀...我这一项好像多数时候是正的

就是最后的结合自由能啊我算的有正也有负

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