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本帖最后由 小李 于 2022-3-2 16:04 编辑
老师和各位大佬们好，想请教关于用amber跑的MD的cudaMemcpy GpuBuffer::Download failed an illegal memory access...报错问题。
加水箱子后VMD打开pdb文件截图如下：
经过第一步对水最小化后用VMD打开如下图：
Q:想请教一下第二张截图上的警告出现是什么原因的。
经过第二步最小化后用VMD打开如下图：
对水最小化脚本截图如下（第一步）：
对整体最小化（第二步）：
进行后续的第二步整体最小化也可以进行，但到加热的时候便会报错，如图：
Q：想请教一下是否是因为第三张截图上还存在警告的不正常键连接的原因
对照参考出现错误的可能原因，对照检查了拓扑参数文件以及小分子的结构（提前高斯优化过，没有大的结构变化）确定没有问题，蛋白质是蛋白质数据库文件下载下来的pdb，怀疑是最小化能量不充分又进行了增加最小化步数增加，每步时间不变，处理还是报错结果如上面的截图，请大佬帮忙看一看。
Q:在有想请教一下17万个原子您建议能量最小化建议多少步的呀，后续加热密度平衡多长时间较为合适。是不是体系较大，最小化处理步数加倍也不够的呢，现在已经比正常的翻了4倍（最开始maxcyc = 50000，ncyc = 25000,现在增加到maxcyc = 200000, ncyc = 100000,）步数处理，还是会报错。
在进行增加4倍步数进行能量最小化前，进行了增加两倍步数进行能量最小化尝试（最开始maxcyc = 50000，ncyc = 25000,现在增加到maxcyc = 100000, ncyc = 50000,）
第二步对整体最小化截图：
之后加热均衡都正常结束也检查rst转化为pdb文件在VMD打开上述截图显示的警告问题，后续进行短程MD时候开始不久报错：
log文件如下图：
加热脚本:nstlim=200000, dt=0.001,在最开始的基础上增加了一倍步数，减半了每一步时间
平衡脚本：nstlim=5000, dt=0.001,在最开始的基础上增加了一倍步数，减半了每一步时间
Q:关于加热和平衡时间想请教一下如何确定自己的体系加热升温的步数和时长呢，看相关资料如果加热时间过长也会不好，17万的原子系统产生上面报错是因为加热过快导致的体系变化过快产生的嘛，您推荐应该进行多长时间加热（每一步多长时间，多少步数），但学生进行数次试逐渐验叠加步数还是会出现报错的情况。对于密度平衡也是采取相类似试验方法还是会报相同的错误。
请各位老师，大佬不吝赐教，十分感谢。
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发表于 Post on 2022-3-2 16:04:59
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发表于 Post on 2022-3-2 20:43:16
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