利用PLUMED-metadynamics做二维PMF的一些问题

Yancherry

由于第一次用PLUMED软件做一个关于离子跨膜的二维的PMF。通过学习网站的教程，还有一些问题没搞懂，想要请教各位。

首先，我选取了两个变量：距离（范围在-0.5~0.5）和半径（0~1）；
然后，关于参数meta的参数如下所示 (我想设置CV的范围，于是用了uwall和lwall，不知道用的对不对)：
a: COM ATOMS=1-80
dist: DISTANCE ATOMS=a,10841 COMPONENTS
r: CUSTOM ARG=dist.x,dist.y FUNC=sqrt(x*x+y*y) PERIODIC=NO
metad: METAD ARG=dist.z,r HEIGHT=1.0 SIGMA=0.05,0.05 FILE=HILLS BIASFACTOR=3 TEMP=300 PACE=500 GRID_MIN=-1,0 GRID_MAX=2,1.5 GRID_BIN=400,200
uwall: UPPER_WALLS ARG=d.z,r AT=0.5,1 KAPPA=500,500 EXP=2,2 EPS=1,1 OFFSET=0,0
lwall: LOWER_WALLS ARG=d.z AT=-0.5 KAPPA=500 EXP=2 EPS=1 OFFSET=0
PRINT ARG=dist.z,r,metad.bias,uwall.bias,lwall.bias FILE=COLVAR STRIDE=10


疑惑点：
1）对于SIGMA，我在教程上看到的是取决与CV的无偏范围，但具体的我还不知道如何取值；
2）GRID_MIN 和GRID_MAX的网格范围，是随意取值嘛？因为之前想要设置和CVS的范围一致，但总是报错：ERROR: the system is looking for a value outside the grid along the 0 (d.z)
index!
3）我用sum_hills命令得到的PMF值太大，并且COLVAR文件中的CV曲线没有充满偏置势，会出现以下的情况：

函数与激情

GRID_MIN和MAX的范围可以给的宽松一点，在超过你给的wall范围外再适当延长一点，CV是用wall去限制，但是一旦触碰到GRID的上下限就会立即出现你提到的错误。

Yancherry

函数与激情 发表于 2022-3-4 09:21
GRID_MIN和MAX的范围可以给的宽松一点，在超过你给的wall范围外再适当延长一点，CV是用wall去限制，但是一 ...

好的谢谢，
我想请问如何才能让CV在范围内充满偏置势呢

函数与激情

Yancherry 发表于 2022-3-4 19:29
好的谢谢，
我想请问如何才能让CV在范围内充满偏置势呢

延长模拟时间；选取大的sigma和height

Yancherry

函数与激情 发表于 2022-3-4 20:33
延长模拟时间；选取大的sigma和height

请问是否只有充满偏置势得到的PMF能量曲线才会收敛

陈小宇

我也出现了和您类似的问题，请问您最后怎么解决的