求助如何将一段DNA和一段RNA通过磷酸二脂键组合到一起？

landian666 · 发表于 Post on 2022-3-6 11:48:52

我想将一段DNA和一段RNA通过磷酸二脂键组合到一起进行模拟，请教如何生成拓扑文件？

已经尝试方法：
1、将两端片段通过pymol放在连接位置
2、将合并后的pdb用charmm-gui生成拓扑，过程中将连接处的5撇端磷酸化，3撇段留羟基，但charmm-gui并不能直接识别并自动生成连接后的拓扑，而是生成了各自的拓扑。
3、本想通过修改序号合并两个片段的itp，但工作量看起来很大。

请教大家有没有比较简单的方法，可以生成合并后的拓扑文件？

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-6 17:56:01

分别产生拓扑信息，在主top里加入[intermolecular_interactions]，其中手动加上恰当的力场项连接两部分

landian666 · 发表于 Post on 2022-3-7 10:22:43

谢谢老师，我还有两个问题想请教：
1、分别生成拓扑后，DNA的5撇端是磷酸化的，RNA的3撇段是有羟基的，是不是要首先删除组合体gro里面的OH和H，然后删除对应tip里面的所有参数，最后才能在[intermolecular_interactions]把5撇的p和3撇的o用力场参数连到一起？
2、这样的方法跟直接把tip合并到一起一样吗？还是只是形式上限制了两个原子的位置？用比如用gmx_MMPBSA分析能量的时候会把连接后的DNA和RNA当成一个整体来分析吗？
非常感谢！！

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-12 06:35:14

landian666 发表于 2022-3-7 10:22
谢谢老师，我还有两个问题想请教：
1、分别生成拓扑后，DNA的5撇端是磷酸化的，RNA的3撇段是有羟基的，是 ...

是
那是给原子间加bond、angle等力场项，这个位置限制完全是两码事
那叫itp不叫tip

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助如何将一段DNA和一段RNA通过磷酸二脂键组合到一起？

浏览过的版块