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[GROMACS] 求助:NVT平衡相模拟最后输出.gro文件与轨迹文件最后一帧不符

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本帖最后由 Rosefinch 于 2022-3-7 11:20 编辑

我进行的石墨基底上的分子自组装,我将石墨基底冻结住去进行的模拟,最后生成的.gro文件里面的整个石墨基底完全平移出了盒子(如下图)

但是查看模拟过程的轨迹文件里面并没有出现石墨基底的移动,下图是我的初始.gro文件以及.mdp文件

tra.trr

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initial.gro

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发表于 Post on 2022-3-7 18:55:47 | 只看该作者 Only view this author
你没上传最后的gro文件没法说
这种带大量真空区的体系明显不该用EnerPres
另外,盒子尺寸太小,导致分子和镜像相互作用严重
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-8 14:01:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-7 18:55
你没上传最后的gro文件没法说
这种带大量真空区的体系明显不该用EnerPres
另外,盒子尺寸太小,导致分子 ...

谢谢sob老师的回复,我上传了最后的gro文件,而且之后模拟时确实和镜像发生了明显的相互作用,那请问对于这种非均相有着大量真空区的体系,我想计算吸附能以及分子间的相互作用能,DispCorr是设置no嘛?

final.gro

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发表于 Post on 2022-3-9 05:03:34 | 只看该作者 Only view this author
Rosefinch 发表于 2022-3-8 14:01
谢谢sob老师的回复,我上传了最后的gro文件,而且之后模拟时确实和镜像发生了明显的相互作用,那请问对于 ...

设no
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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