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[综合交流] pymol或者VMD中如何实现在氨基酸残基上加修饰分子

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各位老师好,我想通过pymol或者VMD来将蛋白质的一个氨基酸进行化学修饰从而获得可用于MD模拟的初始PDB结构(如图),请问如何可以实现呢?

Protein-conjugation-with-a-genetically-encoded-azide-containing-protein-An.png (157.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 52)

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发表于 Post on 2022-3-7 18:29:06 | 只看该作者 Only view this author
用gview之类画结构的程序把那部分画到相应位置
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-7 20:03:10 | 只看该作者 Only view this author
老师,您的意思是在gview软件中在蛋白上直接把小分子画上去,导出为PDB文件。然后把修饰后的氨基酸作为非标准氨基酸进行模拟吗?

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发表于 Post on 2022-3-12 06:35:37 | 只看该作者 Only view this author
TruelyBe 发表于 2022-3-7 20:03
老师,您的意思是在gview软件中在蛋白上直接把小分子画上去,导出为PDB文件。然后把修饰后的氨基酸作为非标 ...

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