请问体系溶剂化可以使用除Gromacs自带的水模型之外的溶剂吗？

yee · 发表于 Post on 2022-3-18 11:21:11

我想将一个制冷剂分子放到有机溶液里面，好像不能直接用gmx solvate 来实现，但是如果直接将制冷剂分子置于盒子中间，再将其坐标复制到充满溶剂分子的盒子的gro文件中，好像分子之间会重叠，在实现最小化时会出现Maximum force很大的，然后lincs warning的错误，请问该如何解决？

妙角不脆 · 发表于 Post on 2022-3-18 15:46:54

可以考虑用packmol建模，社长之前有类似的博文。

mol · 发表于 Post on 2022-3-18 21:36:18

当然可以，看一下gmx solvate的help文件即可

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-19 06:51:10

如果你已经有溶剂的经过NPT模拟后的gro文件，用gmx solvate是最佳选择，加入的溶剂最为致密
如果没有，用packmol
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

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[GROMACS] 请问体系溶剂化可以使用除Gromacs自带的水模型之外的溶剂吗？

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