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[GROMACS] 使用freeze冻结分子后模拟报错

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老师好,在模拟萃取过程中,我冻结了中心原子准备跑MDs,但出现如下报错,但取消freeze后就能正常运行,应该如何解决呢?
这是我的.mdp文件设置:

md_f.mdp

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发表于 Post on 2022-3-24 11:11:10 | 只看该作者 Only view this author
freeze不要和npt联用

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-24 12:41:24 | 只看该作者 Only view this author
nianbin 发表于 2022-3-24 11:11
freeze不要和npt联用

好的,谢谢你,我重新设置一下看看。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-24 13:03:41 | 只看该作者 Only view this author
nianbin 发表于 2022-3-24 11:11
freeze不要和npt联用

去掉控压可以运行了,谢谢你

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发表于 Post on 2022-3-24 14:37:06 | 只看该作者 Only view this author
NPT时,要用冻结的情况通常建议用位置限制代替
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-24 14:55:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-24 14:37
NPT时,要用冻结的情况通常建议用位置限制代替

谢谢sob老师,只做平衡相NPT模拟用位置限制可以正常跑,但用位置限制做产生相的NPT模拟也是出现以上错误(这里产生相做NPT是为了保证控压),现在做产生相的NVT模拟是能正常跑的,像2楼老师说的freeze和NPT不能联用。这个问题可以在平衡相NPT模拟增加时长保证控压,然后做产生相只用NVT模拟解决是嘛?

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发表于 Post on 2022-3-24 15:07:28 | 只看该作者 Only view this author
xryao 发表于 2022-3-24 14:55
谢谢sob老师,只做平衡相NPT模拟用位置限制可以正常跑,但用位置限制做产生相的NPT模拟也是出现以上错误 ...

没有理由平衡相能跑而产生相不能跑,续跑的时候本身产生相的第一帧状态就是平衡相最后一帧。确保没有犯低级错误,并且确认续跑方式合理
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-24 15:21:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-24 15:07
没有理由平衡相能跑而产生相不能跑,续跑的时候本身产生相的第一帧状态就是平衡相最后一帧。确保没有犯低 ...

好的老师,我检查了之前的.mdp文件设置,先前产生相做NPT模拟用位置限制忘记取消冻结了,产生相做NPT模拟加位置限制是可以正常跑的,确实是低级错误了,谢谢sob老师。

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