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[新手求助] 吸附能计算中吸附剂和吸附质所用基组是否可以不一致

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本帖最后由 杰小黑 于 2022-3-28 19:36 编辑

请问:在大体系的吸附计算中,吸附态(AB)的结构优化时,采用了混合基组计算,吸附剂(A)较大采用小一点的基组,而吸附质(B)较小采用大一点的基组。那么在计算吸附能时,E(AB), E(A)和E(B)的计算是必须统一基组,还是可以按照混合基组中所用相应基组进行计算。谢谢!
附件中为A,B和AB的输入和输出文件,fchk文件太大了,没有上传。

AB-GR156-SMZ.gjf

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AB-GR156-SMZ-out.zip

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A-GR156.gjf

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A-GR156-out.zip

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B-SMZ.gjf

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B-SMZ.out

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吸附能计算.txt

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发表于 Post on 2022-3-27 19:44:45 | 只看该作者 Only view this author
用混合基组不算错,但是不太妥当,因为吸附计算的精度受吸附质、吸附剂的理论级别影响是相同的,吸附质和吸附剂接触的地方,A和B的接触面必须都要描述好。所以你A用小基组、B用大基组,就只能得到大基组、小基组之间的精度,所以B用大基组就浪费了。还不如A和B都是靠近吸附面处用大基组、远离吸附面处用小基组
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-28 08:15:50 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-27 19:44
用混合基组不算错,但是不太妥当,因为吸附计算的精度受吸附质、吸附剂的理论级别影响是相同的,吸附质和吸 ...

谢谢大佬的回复。所用的石墨烯基底(A),B在A表面优化的过程中,变形也比较大,在A表面也会有明显的移动。所以,大佬提的接触面处用大基组,远离接触面的地方用小基组,在我这种情况下,应该不合适。单独优化时,A我用的6-31G*,B用的TZVP;吸附在一起时,所用混合基组中,A用也是6-31G*,B用的也是TZVP。然后就用各自基组下得到的能量,计算吸附能,发现是正值(觉得此种吸附下是正值不是很合理);然后统一用TZVP进行单点计算后,所得吸附能则为负值。所以,有了一开始提的疑问。不知道大佬,能否进一步解释一下。

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发表于 Post on 2022-3-28 10:50:59 | 只看该作者 Only view this author
杰小黑 发表于 2022-3-28 08:15
谢谢大佬的回复。所用的石墨烯基底(A),B在A表面优化的过程中,变形也比较大,在A表面也会有明显的移动 ...

即便A用6-31G*,也不至于吸附能算出来为正(假设你是用电子能量算的)
为正肯定算错了,犯了低级错误。没细节没法说
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-3-28 16:13:00 | 只看该作者 Only view this author
杰小黑 发表于 2022-3-28 01:15
谢谢大佬的回复。所用的石墨烯基底(A),B在A表面优化的过程中,变形也比较大,在A表面也会有明显的移动 ...

是不是因为你用counterpoise做了BSSE校正?当基组很小的时候,counterpoise会高估BSSE,导致结合能绝对值偏小。至于会不会因为这个原因变成正的,我倒没见过,但是原理上是可能的
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-28 19:41:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 杰小黑 于 2022-3-29 09:44 编辑
sobereva 发表于 2022-3-28 10:50
即便A用6-31G*,也不至于吸附能算出来为正(假设你是用电子能量算的)
为正肯定算错了,犯了低级错误。 ...

老师您好,我上传了A,B和AB的输入输出文件,麻烦老师帮忙看一下。整体的就是先单独优化的A和B,基于优化所得结构,构建A和B的复合模型,冻结A(石墨烯)最外层的原子,再进行AB复合物的优化。三者的优化都加了”em=GD3BJ scrf“,所用泛函为PBE1PBE。统一基组后,如都用6-31G*, 都用TZVP或都用6-311+G**,吸附能计算出来均为负值(在-0.05eV左右)。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-28 19:44:59 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-28 16:13
是不是因为你用counterpoise做了BSSE校正?当基组很小的时候,counterpoise会高估BSSE,导致结合能绝对值 ...

没有加BSSE校正,本来是想用高斯优化完结构,再用ORCA在更高的级别下加counterpoise做BSSE校正的。现在感觉结果有点问题,就没有进一步计算了。

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