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[波函数分析求助] 弱相互作用中RDG面颜色相近问题

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本帖最后由 lianghua飘 于 2016-3-18 22:27 编辑

请教:
团簇体系中,有很多水分子与正负离子(M+,-),其中H与负离子M-之间的区域颜色,O与正离子(M+)之间的区域颜色相近,无法区分哪一个作用更强,如果想区别开来,有什么方法呢?
(调整了scaleminmax还是不行)
谢谢!

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发表于 Post on 2016-3-19 00:37:27 | 只看该作者 Only view this author
用Multiwfn做AIM分析,比较相应的键临界点的电子密度(越大越强)、势能密度(越负越强)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-19 09:32:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-19 00:37
用Multiwfn做AIM分析,比较相应的键临界点的电子密度(越大越强)、势能密度(越负越强)

多谢sob

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-20 17:50:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-19 00:37
用Multiwfn做AIM分析,比较相应的键临界点的电子密度(越大越强)、势能密度(越负越强)

sob您好,再请教一下:
1.电子密度、势能密度的单位取什么?
2.Multiwfn作的电子密度、势能密度数值一般取到小数点后几位合适,比如0.12677E-01与0.12589E-01这两个值是否可以近似相等?
3.团簇体系(K2I2(H2O)3-)中,多个H原子与I原子作用,多个O原子与K原子作用,如果要对比分析H-I与O-K的作用强弱,是否应该把所有的H-I之间键临界点的电子密度加和,把所有的O-K之间键临界点的电子密度加和,然后比较大小?
谢谢!

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发表于 Post on 2016-3-20 18:17:53 | 只看该作者 Only view this author
lianghua飘 发表于 2016-3-20 17:50
sob您好,再请教一下:
1.电子密度、势能密度的单位取什么?
2.Multiwfn作的电子密度、势能密度数值一 ...


1 a.u.
2 不算近似相等。你这个是科学计数法,没法说小数点后的位数,只能说有效位数。保留的有效位数至少4位,应该能体现不同体系的差异
3 不是同一类相互作用(元素不一样),这么比没有意义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-20 19:54:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lianghua飘 于 2016-3-20 21:07 编辑
sobereva 发表于 2016-3-20 18:17
1 a.u.
2 不算近似相等。你这个是科学计数法,没法说小数点后的位数,只能说有效位数。保留的有效位数 ...
sob您好:
关于第三个问题,还有疑问:
1.我想知道H-I之间的相互作用与O-K之间的相互作用谁强谁弱,通过键临界点的电子密度、势能密度,不能比吗?
(这个思想还是您在我前面的问题给出的啊)
2.同一个水分子的两个氢原子与相邻的两个I原子作用,O原子与一个K原子作用,
每能否把两个氢原子与相邻两个I原子的作用相加,来判断H与I相互作用的强弱?
谢谢!

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发表于 Post on 2016-3-20 22:18:31 | 只看该作者 Only view this author
lianghua飘 发表于 2016-3-20 19:54
sob您好:
关于第三个问题,还有疑问:
1.我想知道H-I之间的相互作用与O-K之间的相互作用谁强谁弱,通过 ...


1 我历来说的都是对种类相互作用才能这么比。不是同类的只能算相互作用能比较
2 算相互作用能直接就能体现总强度
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本帖最后由 lianghua飘 于 2016-3-21 10:37 编辑
sobereva 发表于 2016-3-20 22:18
1 我历来说的都是对种类相互作用才能这么比。不是同类的只能算相互作用能比较
2 算相互作用能直接就能 ...
sob您好,再请教:
我想算团簇体系K2I2(H2O)3-中:H与I的相互作用能,O与K的相互作用能,这个具体怎么操作呢?
谢谢

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发表于 Post on 2016-3-21 11:53:26 | 只看该作者 Only view this author
lianghua飘 发表于 2016-3-20 22:28
sob您好,再请教:
我想算团簇体系K2I2(H2O)3-中:H与I的相互作用能,O与K的相互作用能,这个具体怎么操作 ...


总能量和两个片段能量相减。片段怎么划分才能直接体现这两类相互作用能,视体系具体结构而定。
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sobereva 发表于 2016-3-21 11:53
总能量和两个片段能量相减。片段怎么划分才能直接体现这两类相互作用能,视体系具体结构而定。

sob您好,
我作的体系是负离子团簇K2I2(H2O)3-,结构图如附件所示,我想比较H-I之间的作用与O-K之间的作用大小,
这个可以怎么划分片段呢?
谢谢

K2I2(H2O)3-.doc

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发表于 Post on 2016-3-21 23:41:42 | 只看该作者 Only view this author
lianghua飘 发表于 2016-3-21 20:04
sob您好,
我作的体系是负离子团簇K2I2(H2O)3-,结构图如附件所示,我想比较H-I之间的作用与O-K之间的作 ...

这个没法严格计算相互作用能,因为是相互耦合的
至于个别的,比如K2与O的相互作用能,就计算整体与K2原子以及其余部分的能量差值
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-22 09:09:33 | 只看该作者 Only view this author
Sob您好,这个问题也持续了好几遍了,还是没能解决问题,我就想比较一下H-I之间、O-K之间的作用强弱,临界点电子密度不行、相互作用能不行、RDG颜色相近,那应该用什么方法呢,图在附件里,谢谢

K2I2(H2O)3-.doc

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