已解决：在进行NPT平衡之后，盒子大小几乎没有变化，密度与文献相差10倍

五月雨

1、为了验证MEA的参数(验证平衡密度和自扩散系数)，我在1bar和60℃下对纯MEA进行了模拟（模拟分子的聚集现象）。然而在进行完NVT和NPT平衡后，盒子大小几乎没有变化，平衡密度和文献中的结果相差了10倍。

我想让各位老师指正我的mdp文件的不妥之处 (因为这两个mdp文件是根据网上一些乱七八糟的教程写的)，为了方便各位老师指正，我把模拟的细节写在下面。

力场：Amber03；文献：GROMOS 54A7；
盒子：1000个MEA，纯体系（根据文献设计）；10nm；（MEA：单乙醇胺，C2H7NO）
NVT、NPT之后：9.92655nm，密度值：102.4 kg/m3，文献：1024kg/m3，刚好10倍。

10ns的正式模拟之后，我在2ns-8ns之间计算了自扩散系数：0.4675 (+/- 0.0640) 1e-5 cm^2/s，实验值为：0.61 1e-5 cm^2/s。请问各位老师这个误差能不能接受？

2、MEA的参数并不是取之文献，而是直接在sobtop上产生的，基本是基于力场Amber，缺失的力常数是利用DRIH计算得到的，请问这样得到的模型参数可以用于这种模拟吗？
接下来还要在相同的计算水平上去验证CO2的参数（模拟分子聚集），请问Amber力场合不合适，力场有没有必要和文献（GROMOS 54A7）一致？

sobereva

上传时候总要把结构文件也压缩后上传，否则别人都不知道你当前的模型是什么样

对于有机小分子没有任何理由用专门给生物分子提出的AMBER而不用专门给有机小分子提出的GAFF力场。而且sobtop自带的力场文件里的AMBER力场参数也不是对应的AMBER03，力场文件里都写明了对应什么。Sobtop里对于有机小分子一律用的都是GAFF。对有机小分子用AMBER缺bonded参数的情况极大概率用GAFF时根本不缺。
仔细把例子认真看了http://sobereva.com/soft/Sobtop
搞清楚各个力场的基本特征再去用

做NVT完全多余，直接做NPT就完了
监控模拟过程中盒子尺寸变化曲线，达到平衡之前的数据都没法用来说事，看
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

模拟普通有机分子用GROMOS 54A7在精度上比GAFF没任何好处。
CO2有专门的力场，用GAFF、CGenFF、GROMOS等普适力场都不适合。

五月雨

sobereva 发表于 2022-4-21 06:03
上传时候总要把结构文件也压缩后上传，否则别人都不知道你当前的模型是什么样

对于有机小分子没有任何理 ...

感谢sob老师的回复，我在其他帖子里也找到了关于CO2专门用的势，在进行完参数验证之后，会把MEA和CO2放在一起跑计算，请问老师，力场的使用要根据CO2来选择吗（CO2的数量要比MEA高很多）？

sobereva

五月雨 发表于 2022-4-21 10:28
感谢sob老师的回复，我在其他帖子里也找到了关于CO2专门用的势，在进行完参数验证之后，会把MEA和CO2放在 ...

CO2的专门的力场只描述CO2和CO2之间的作用，跟MEA毫无关系
顶多说描述MEA的力场和描述CO2力场之间的兼容性