如何消除gromacs初始建模的不合理性

CruiseBend · 发表于 Post on 2022-4-25 23:04:37

在gmx模拟生物体系中，往往需要将小分子/多肽/蛋白放到某一蛋白的特定区域，如果align到实验的结构，往往会出现结构不合理，最常见的就是非蛋白分子的某一些原子和蛋白侧链重叠；我想请问老师

1. 我发现即使有这种重叠和不合理，仍可以继续跑模拟，只是会在em阶段出现 1) 初始势能过高 2）relative constraint deviation after LINCS:bonds that rotated more than 30 degrees 3) 产生了很多stepxx.pdb；这些现象即使是在charmmgui建模的膜蛋白结构依然存在。

我不知道em时候出现这些是否会影响蛋白/非蛋白分子结构？

2. 是否有vmd tcl script或者其他脚本或者软件，可以考虑到分子的vdw 半径，在我们放分子进入特定位置时，能保持分子键长键角二面角不变的情况下，进行位置微调以尽量避免这种重叠；

3. 在vmd可视化中，这种重叠一般会造成 main 界面显示很多组不合理，还有以cartoon显示蛋白时，重叠区域不显示；这种情况要怎么处理？

谢谢大家浏览问题，我也觉着这是生物模拟里面一些很常见但有不好处理的问题，欢迎大家讨论

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-26 07:11:49

1 MD能跑就行

2 应当做分子柔性对接

3 初始位置不合理，导致出现不该有的成键关系，可能导致二级结构没法判断。让初始结构合理就完了

CruiseBend · 发表于 Post on 2022-4-26 12:02:34

做过对接，但是对接构象并不是我想要的构象；
而且一些情况也解决不了，比如把一些lipid放到蛋白的helix间隙..

CruiseBend · 发表于 Post on 2022-4-26 12:33:52

看您提到“Packmol就会把各种分子按照设定将指定数目的分子堆积到满足要求的区域中。程序会通过优化算法不断尝试各种堆积方式，直到构建出原子间没有不合理接触而且能满足所有约束条件的结构。在堆积过程中分子结构会保持刚性，即构象不会变化。"
我需要的就是packmol这种建模规则，在vmd中能实现吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-27 06:02:28

CruiseBend 发表于 2022-4-26 12:02
做过对接，但是对接构象并不是我想要的构象；
而且一些情况也解决不了，比如把一些lipid放到蛋白的helix间 ...

lipid放到蛋白的helix间隙这种事没什么难的
诸如自己把磷脂膜和蛋白质结构文件合并，在VMD里把蛋白质挪到恰当位置，保存结构时候用恰当的选择语句保留特定区域就完了

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-27 06:02:51

CruiseBend 发表于 2022-4-26 12:33
看您提到“Packmol就会把各种分子按照设定将指定数目的分子堆积到满足要求的区域中。程序会通过优化算法不 ...

不能
VMD不是类似这种的建模程序

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