【已解决】求助：水滴弛豫后不在保持球形，这是因为什么？

mengxiangidea · 发表于 Post on 2022-5-1 22:56:13

本帖最后由 mengxiangidea 于 2022-5-2 11:53 编辑

初始模型通过packmol过来，中间加入了带电荷的cl离子和na离子，in文件、data文件、弛豫完可视化如下：

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-5-2 00:20:49

盒子太小，变成膜/丝了

mengxiangidea · 发表于 Post on 2022-5-2 10:55:34

Entropy.S.I 发表于 2022-5-2 00:20
盒子太小，变成膜/丝了

我改变盒子大小之后，效果还是不是很明显

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-5-2 11:08:21

mengxiangidea 发表于 2022-5-2 10:55
我改变盒子大小之后，效果还是不是很明显

这样就行了，只要不和镜像连起来就行。某一瞬间的形状不重要，因为模型水滴本身不大

mengxiangidea · 发表于 Post on 2022-5-2 11:33:48

Entropy.S.I 发表于 2022-5-2 11:08
这样就行了，只要不和镜像连起来就行。某一瞬间的形状不重要，因为模型水滴本身不大

是因为我水分子的数量吗？

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-5-2 11:49:24

mengxiangidea 发表于 2022-5-2 11:33
是因为我水分子的数量吗？

是。可以在当前轨迹中找一帧还凑合的。如果追求漂亮的球形，只能扩大模型

mengxiangidea · 发表于 Post on 2022-5-2 11:52:47

Entropy.S.I 发表于 2022-5-2 11:49
是。可以在当前轨迹中找一帧还凑合的。如果追求漂亮的球形，只能扩大模型

好的，非常谢谢

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