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本帖最后由 飞翔的胖吉 于 2022-12-22 15:46 编辑

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发表于 Post on 2022-5-9 12:09:42 | 只看该作者 Only view this author
把54A7力场目复制一份并改名。看54B7力场原文,自己把里面的相关参数替换到力场目录下的参数文件里。参数文件格式自己看手册理解,北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的“GROMACS的使用基础”部分也对参数文件内容都做了很系统性的介绍。

AMBER03根本不是给真空下模拟用的。虽然能跑,但对结果合理性甭有什么指望。且不说成键参数,光是里面的标准残基的原子电荷就是针对水环境下模拟搞的,拿到真空下模拟内行审稿人不批评才怪。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2022-5-9 15:27:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-9 12:09
把54A7力场目复制一份并改名。看54B7力场原文,自己把里面的相关参数替换到力场目录下的参数文件里。参数文 ...

请问sob老师,使用GAFF对有机小分子跑真空,EPM2对CO2跑真空合理吗?

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发表于 Post on 2022-5-9 21:20:50 | 只看该作者 Only view this author
五月雨 发表于 2022-5-9 15:27
请问sob老师,使用GAFF对有机小分子跑真空,EPM2对CO2跑真空合理吗?

合理
对于前者,注意给Multiwfn计算RESP电荷用的波函数应当是在真空下得到的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-5-9 22:22:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-9 21:20
合理
对于前者,注意给Multiwfn计算RESP电荷用的波函数应当是在真空下得到的

谢谢老师回复,使用Multiwfn计算的波函数就是在真空下得到的

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