Gaussian优化单分子自由基，优化结束后gview查看发现变成了两个分子

chenjiewen · 发表于 Post on 2022-5-9 10:20:54

本帖最后由 chenjiewen 于 2022-5-9 10:21 编辑

各位老师好，我用Gaussian优化一个自由基分子（如下图），计算级别是M062X/6-31G**,scrf(SMD,solvent=N,N-Dimethylformamide)

优化+频率分析正常结束，没有虚频，但是gview查看结果发现变成了两个分子（如下图）

对这种情况，有什么解决办法呢，另外我还有一个疑问：
我之前一直以为势能面是一个分子因为键的旋转产生不同构象，不同构象具有不同能量从而组成势能面，但是从我这次的计算结果来看，是否应该理解为一群原子以某种方式排布，就具有该排布方式下的能量，原子之间可以组成一个分子，也可以是两个甚至多个分子，更极端的情况是原子之间单独存在，没有成键。这样的理解对吗？
先提前谢过各位老师解答！

KangJiaxin · 发表于 Post on 2022-5-9 10:32:52

势能面是能量和键长，键角，二面角相关的。比如水分子，C2v对称性下，就是能量和O-H键长和H-O-H键角这两个参数组成的三维势能面，而像HOF的话就会有H-O,O-F键长和H-O-F键角三个参数和能量组成的四维势能超曲面，一般情况会把几何参数简化成一个函数来简化势能面。当然也不仅限于一个分子，不然双分子的势能面怎么建立。

mfdsrax2 · 发表于 Post on 2022-5-9 10:35:00

上面那个是羧基自由基吗？都被优化成二氧化碳了，说明之前那个自由基结构不对

chenjiewen · 发表于 Post on 2022-5-9 10:39:25

KangJiaxin 发表于 2022-5-9 10:32
势能面是能量和键长，键角，二面角相关的。比如水分子，C2v对称性下，就是能量和O-H键长和H-O-H键角这两个 ...

感谢老师解答

chenjiewen · 发表于 Post on 2022-5-9 10:42:45

mfdsrax2 发表于 2022-5-9 10:35
上面那个是羧基自由基吗？都被优化成二氧化碳了，说明之前那个自由基结构不对

是的，是羧基自由基，我的输入文件是Chem3D画出来的，然后用它自带的MM2简单的优化了一下，按理说结构不会有特别大的问题...？

KangJiaxin · 发表于 Post on 2022-5-9 10:44:14

chenjiewen 发表于 2022-5-9 10:42
是的，是羧基自由基，我的输入文件是Chem3D画出来的，然后用它自带的MM2简单的优化了一下，按理说结构不 ...

建议你先加上H优化一下，再把H删掉再算算试试

chenjiewen · 发表于 Post on 2022-5-9 10:49:28

KangJiaxin 发表于 2022-5-9 10:44
建议你先加上H优化一下，再把H删掉再算算试试

感谢感谢，那我尝试一下这种方式。

RAL · 发表于 Post on 2022-5-9 11:10:15

chenjiewen 发表于 2022-5-9 10:42
是的，是羧基自由基，我的输入文件是Chem3D画出来的，然后用它自带的MM2简单的优化了一下，按理说结构不 ...

但这种羧基自由基本来就很容易脱羧吧

KangJiaxin · 发表于 Post on 2022-5-9 11:13:13

chenjiewen 发表于 2022-5-9 10:49
感谢感谢，那我尝试一下这种方式。

我用B3LYP-D3(BJ)/6-311G* 不带溶剂模型试了一下可以优化出羧基自由基

chenjiewen · 发表于 Post on 2022-5-9 11:59:00

RAL 发表于 2022-5-9 11:10
但这种羧基自由基本来就很容易脱羧吧

确实是，不过文章的机理图有这个中间体存在，感觉有必要加上这个结构的数据。

chenjiewen · 发表于 Post on 2022-5-9 12:01:23

KangJiaxin 发表于 2022-5-9 11:13
我用B3LYP-D3(BJ)/6-311G* 不带溶剂模型试了一下可以优化出羧基自由基

我之前也觉得换泛函也许能解决，不过也好奇出现这种问题的原因，就放上来请教了

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-9 12:31:01

KangJiaxin 发表于 2022-5-9 11:13
我用B3LYP-D3(BJ)/6-311G* 不带溶剂模型试了一下可以优化出羧基自由基

这种对比没意义
基组换了、泛函换了、对溶剂的考虑换了，你怎么知道是什么因素导致的结论的差异

这么点体系用明显更靠谱的双杂化泛函优化也完全做得动，B2PLYPD3/def2TZVP scrf=solvent=溶剂名 opt freq，得到的无虚频结构是什么样就是什么样

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-9 12:31:43

chenjiewen 发表于 2022-5-9 10:42
是的，是羧基自由基，我的输入文件是Chem3D画出来的，然后用它自带的MM2简单的优化了一下，按理说结构不 ...

MM2力场仅仅适合描述成键方式普通的闭壳层有机体系，对自由基体系其优化的结构完全不构成可参考依据
要对使用的方法的基本特征有基本的了解

chenjiewen · 发表于 Post on 2022-5-9 16:32:58

sobereva 发表于 2022-5-9 12:31
这种对比没意义
基组换了、泛函换了、对溶剂的考虑换了，你怎么知道是什么因素导致的结论的差异

感谢sob老师，您的意思是用档次更高的双杂化泛函优化之后，无虚频，就算输出是两个分子也可以放在文章里吗（因为方法是可靠的所以这样的结果也是可以接受的）？

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-9 21:23:41

chenjiewen 发表于 2022-5-9 16:32
感谢sob老师，您的意思是用档次更高的双杂化泛函优化之后，无虚频，就算输出是两个分子也可以放在文章里 ...

是
如果和实验不符，思考计算模型是否有什么疏漏，是否和实验缺乏可比性

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