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[新手求助] 求助在Gaussian建模时,大分子结构怎样解决手性碳问题

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在Gaussian建模时,大分子结构存在多个手性碳,在进行结构优化时自动会调节位置,还是需要构建多个分子结构进行结构优化选能量最低。
手性分子呢?

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发表于 Post on 2022-5-11 09:36:26 | 只看该作者 Only view this author
构型问题:建模时确定好
构象问题:简单分子自己摆成合适结构,复杂分子做构象搜索,这和分子有没有手性中心没有关系。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-11 11:01:37 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2022-5-11 09:36
构型问题:建模时确定好
构象问题:简单分子自己摆成合适结构,复杂分子做构象搜索,这和分子有没有手性中 ...

感谢回复,还是不太明白,就是说构型中大分子结构(如1000)需要根据每个手心碳设计多个构型,再结构优化选能量最低,然后在进行构象检索

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发表于 Post on 2022-5-11 11:07:23 | 只看该作者 Only view this author
莫俆 发表于 2022-5-11 11:01
感谢回复,还是不太明白,就是说构型中大分子结构(如1000)需要根据每个手心碳设计多个构型,再结构优化 ...

要学会用open babel

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发表于 Post on 2022-5-11 12:05:45 | 只看该作者 Only view this author
莫俆 发表于 2022-5-11 11:01
感谢回复,还是不太明白,就是说构型中大分子结构(如1000)需要根据每个手心碳设计多个构型,再结构优化 ...

“如1000” 1000什么
啥叫根据每个手性碳设计构型?你确定你分清构型和构象了嘛?
不同构型一般不能相互转化你选能量最低的干什么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-11 12:44:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 莫俆 于 2022-5-11 12:59 编辑
liyuanhe211 发表于 2022-5-11 12:05
“如1000” 1000什么
啥叫根据每个手性碳设计构型?你确定你分清构型和构象了嘛?
不同构型一般不能相 ...

嗯,1000为分子量,我的意思是由于手性碳存在,每个手性碳有两种构型,如果含有n个手性碳是否需要考虑组成多种不同构型

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发表于 Post on 2022-5-11 13:56:48 | 只看该作者 Only view this author
莫俆 发表于 2022-5-11 05:44
嗯,1000为分子量,我的意思是由于手性碳存在,每个手性碳有两种构型,如果含有n个手性碳是否需要考虑组 ...

对,但是对于构型来说,能量最低的不一定是最合理的,正确构型只取决于你是怎么合成这个分子的,而不取决于哪个构型能量最低。这个和构象不一样。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-5-11 17:54:32 | 只看该作者 Only view this author
分清楚Gaussian和GaussView
Gaussian是计算程序,根本没有建模功能
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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