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[GROMACS] 求助如何计算离子液体体系的阴阳离子间的相互作用?

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大家好,我想计算bmim+和scn-离子液体体系的相互作用能,我看教程是需要单独一个分子进行rerun的,但是我做的时候gromacs提示warning只有阳离子的体系电荷不为0无法计算,请问如何解决?

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发表于 Post on 2022-5-11 20:03:57 | 只看该作者 Only view this author
rerun的时候把阳离子和阴离子部分定义为两个能量组,然后从edr提取相互作用能就完了。根本用不着只保留阳离子部分
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-11 20:16:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-11 20:03
rerun的时候把阳离子和阴离子部分定义为两个能量组,然后从edr提取相互作用能就完了。根本用不着只保留阳离 ...

请问如何定义为两个能量组?我在rerun的时候加上索引文件,好像无法选择

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发表于 Post on 2022-5-11 20:18:27 | 只看该作者 Only view this author
yee 发表于 2022-5-11 20:16
请问如何定义为两个能量组?我在rerun的时候加上索引文件,好像无法选择

mdp的energygrps =后面写上两个组的组名
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-11 20:41:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-11 20:18
mdp的energygrps =后面写上两个组的组名

谢谢老师指导,现在可以分组计算了。
但是现在分组之后计算的库仑和范德华作用能只有LJ-SR和LJ-14(coul-SR和coul-14)两种能量类型选项了,而且14项的两种能量都为0。
相互作用能好像需要综合LJ-SR和disper.-corr以及coulomb-(SR)和Coul.-recip进行计算,我知道范德华能是以短程力为主的,但是库仑力是以长程力为主的,请问只有SR的能量进行计算的相互作用能准确吗?

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发表于 Post on 2022-5-11 21:09:36 | 只看该作者 Only view this author
yee 发表于 2022-5-11 20:41
谢谢老师指导,现在可以分组计算了。
但是现在分组之后计算的库仑和范德华作用能只有LJ-SR和LJ-14(coul ...

甭管disper.-corr

静电作用显然要考虑


北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里相关ppt,注意里面说的





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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-11 21:22:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-11 21:09
甭管disper.-corr

静电作用显然要考虑

感谢老师耐心解答,希望培训班能顺利开展,我也想参加

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