计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 4133|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] Gaussian联用xtb、ORCA,计算过渡态的流程是否合理?

[复制链接 Copy URL]

28

帖子

1

威望

1549

eV
积分
1597

Level 5 (御坂)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
大家好!

我最近在计算主族有机反应能垒,用的是卢老师给的Gaussian与xtb、ORCA联用的脚本(http://sobereva.com/421)。

我先使用gau-xtb计算了TS、freq、IRC,并用gau-xtb分别优化了反应物和产物的结构。然后用gau-orca分别对上步优化得到的过渡态、反应物、产物的结构进行优化和计算单点,再用gau-orca计算过渡态的freq进行检验。

请问我的这个计算流程合理吗?

谢谢大家!

1万

帖子

0

威望

9871

eV
积分
22113

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2022-5-16 21:00:52 | 只看该作者 Only view this author
可以倒是可以,但是其实这些步骤都用不着高斯,只用orca就行了,包括xtb也可以从orca里调用。所以审稿人可能会问你为什么一定要用高斯,相比直接用orca做结构优化、频率分析有什么优点,你能答得出来就行。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

28

帖子

1

威望

1549

eV
积分
1597

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-16 21:44:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 StormSpirts 于 2022-5-16 21:52 编辑
wzkchem5 发表于 2022-5-16 21:00
可以倒是可以,但是其实这些步骤都用不着高斯,只用orca就行了,包括xtb也可以从orca里调用。所以审稿人可 ...

谢谢老师!

我最初用gau-xtb在GFN2-xTB级别下优化好了若干个过渡态,尝试过用ORCA继续优化,但是全部都达到最大循环而不收敛,但是用gau-orca就都收敛了。
ORCA不收敛的结构有的是确实跑偏了,有的是基本符合我的预期。

老师说得对,这里本来没有必要搞这么麻烦。这是我的ORCA优化TS的关键词,不知问题出在哪里呢?谢谢老师!
(我现在先去试试SlowConv

! B3LYP D3 def2-TZVP def2/J RIJCOSX optTS numfreq tightSCF noautostart miniprint nopop
%maxcore  4000
%pal nprocs  40 end
%cpcm
smd true
SMDsolvent "water"
end
%geom Calc_Hess true end
* xyz   0   1



150

帖子

0

威望

3921

eV
积分
4071

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2022-5-16 23:20:05 | 只看该作者 Only view this author
StormSpirts 发表于 2022-5-16 21:44
谢谢老师!

我最初用gau-xtb在GFN2-xTB级别下优化好了若干个过渡态,尝试过用ORCA继续优化,但是全部 ...

先去NumFreq因为有解析频率优先使用解析频率,再去SMD,因为SMD容易引起势能面粗糙导致震荡,另外xtb的势能面和B3LYP-D3还是有很大区别的,最好是把过渡态中涉及成断键的原子先固定,优化好其他部分,再做OptTS

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +3 收起 理由
Reason
StormSpirts + 3 非常感谢

查看全部评分 View all ratings

28

帖子

1

威望

1549

eV
积分
1597

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-17 14:31:45 | 只看该作者 Only view this author
RAL 发表于 2022-5-16 23:20
先去NumFreq因为有解析频率优先使用解析频率,再去SMD,因为SMD容易引起势能面粗糙导致震荡,另外xtb的势 ...

感谢老师!

我尝试了您的建议,去掉SMD后优化,势能曲线平稳下降,大幅的震荡全部消失了。然后再把SMD加回来就收敛了。

固定成断键的原子方法对容易跑偏的结构很有效。

非常感谢,受益匪浅!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 23:13 , Processed in 0.208021 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list